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人体内调节肠道(也包括内脏)的神经叫“植物神经”，中枢神经特别是大脑的高级神经活动与内脏的联系，是通过这些植物神经直接或间接地发挥调节作用的。所谓“间接地”就是说中间要通过内分泌腺的分泌功能发挥效应。植物神经有两类：一类是交感神经，一类是副交感神经。两者的作用既有不同，又是相辅相成的。例如，交感神经能抑制肠道的运动和分泌功能 ，而副交感神经却可以增强肠道的运动和分泌功能。当肠道的某一部位发生“器质性”或“ 功能性”改变时，就会对植物神经产生刺激，植物神经系统就把这些连续不断的刺激信号—— 冲动传到大脑皮层。时间长了，又可导致大脑皮层的调节功能紊乱，副交感神经中枢便会“乘机”从大脑皮层的控制下解脱出来，兴奋性增强，受它支配的肠道运动加快，病人出现腹泻；该神经兴奋过久，可因“疲劳”而逐渐衰退并转为抑制，肠道肌肉也就慢慢地松弛下来，蠕动减弱，结果又引起便秘。这种便秘，临床上称为“弛缓性便秘”，是肠结核的典型表现。在肠道易激综合征时，由于副交感神经中枢受到刺激物的强烈刺激而处于极度兴奋状态，使结肠远端持续痉挛，结果引起“痉挛性便秘”，这种病人往往排出很细的带状大便或羊粪蛋样大便。结肠的痉挛继续加深，肠道蠕动又复增强，大便频数，由便秘又转为腹泻，由此周而复始。在急性和慢性肠炎中，肠壁受局部的机械的和化学的刺激，又可反射性地引起副交感神经中枢兴奋 ，使肠道某些分泌细胞分泌更多的粘液，这也是造成腹泻的一个重要环节。
临床上常见的引起腹泻与便秘交替出现这一现象的疾病有肠结核、局限性肠炎、肠道易激综合征等慢性肠道炎症性疾病。另外，还有大肠癌，特别是右半结肠癌，常有便秘和腹泻交替出现的现象，大便隐血试验持续阳性(说明远端结肠有出血)，有的在右腹部可扪及肿块，并伴有压痛，常易误诊为阑尾包块。