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首先是消化道症状：除有排便困难外，还会出现腹痛，特别是下腹部胀满不适或钝痛，肠鸣、反胃、恶心、矢气、食欲不振、嗳气等症状。这些症状的产生，是由于食物残渣在肠腔内停留过久，易于发酵腐败，产生气体，如氮、二氧化碳、硫化氢等，这些气体大量积聚在肠腔，可使肠管膨胀，静脉血液回流受阻，导致消化功能受到影响。
其次是全身症状：可伴有头痛、头晕、疲劳、口苦、心悸、心烦易怒、精神淡漠等症状，甚至可以出现轻度贫血与营养不良等表现。这些症状的产生是因为上述的食物残渣发酵腐败所产生的气体，如果这些气体被人体吸收入血液，进入血液循环，人体就会出现一系列的自体中毒症状。
最后是局部表现：便秘对局部的危害主要是干燥坚硬的粪块，损伤肛门，引起肛门出血、疼痛等症。如果原来有肛裂、痔疮等肛门疾病，便秘还会增加疼痛和出血。另外，便秘还会引起骶骨部、臀部、大腿后侧隐痛与酸胀等感觉，这是由于粪块压迫第三、四及五骶神经根前支所致。