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祖国医学认为，便秘的基本病变，虽属大肠传导失常，但与脾胃肝肾等脏腑的功能失调有关。如阳明胃热过盛，热灼津液，津伤液耗，肠道失润；脾气不足，则气虚而传送无力；肝气郁结，气机壅滞，则“气内滞而物不行”，或气郁化火，火邪伤津，亦可使肠道失润；肾开窍于二阴而恶燥，又主五液，肾阴不足，则肠失濡润，肾阳不足，则阴寒凝滞，津液不通。故四者功能失调，皆为便秘之由。
便秘一病，可概括为寒热虚实四个方面。肠胃积热者属热秘；气机郁滞或饮食积滞，腑气不通者属实秘；气血亏虚者，则为虚秘；而阴寒凝滞，滞液不行者，称冷秘或寒秘。四者之中，又以虚实为纲，如热秘、气秘属实，虚秘、冷秘属虚。而寒热虚实之间，常互相兼挟或演变。如热秘误治或失治，经久不愈，津液日耗，进损肾阴，而致津液不足，大肠失润，其病由实转虚。气机郁滞，日久化火，则气结与热结并见。气血虚弱者，易受饮食所伤，或情志怫郁，则虚实相兼。冷秘者，乃阳虚阴寒凝滞，但若温燥太过，耗其津液，或阳损及阴，可见阴阳并虚之证。
总之，大肠的传导功能失常是便秘发生的主要机理。