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必须强调指出，诊断胃肠道功能紊乱要十分慎重，在作出诊断之前，必须排除器质性疾病，尤其是胃肠道的恶性病变。多数患者情绪紧张，就医时诉说繁多，滔滔不绝，有的将症状写在纸上，唯恐遗漏。医生首先应耐心地听取和分析患者的陈诉，仔细地进行体格检查，若经各项化验和功能检查正常，才可初步诊断为肠道激惹综合征，如：
a 血、尿常规正常，血沉正常；
b 多次粪常规、粪便培养(至少 3 次)均阴性，粪便隐血(潜血)试验阴性；
c X线钡剂灌肠检查无阳性发现或结肠有激惹现象；
d 纤维结肠镜示部分病人结肠运动亢进，无明显粘膜异常，组织学检查基本正常。
对于过去健康、新近发病的老年患者，尤应进行周到细致的检查，以防漏诊其他严重的器质性疾病。初步诊断为胃肠道功能紊乱之后，还须密切随访，一段时间，才能确保诊断无误。