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本病目前尚无特效的治疗药，对无症状或症状轻微者可不必用药。
具体治疗措施有以下几种：
(1)对有消化不良等症状者，一般可按消化性溃疡用药，可用各种制酸剂，对缓解疼痛等症状常有帮助；在理论上采用保护或提高粘膜屏障作用的药物，如硫糖铝、前列腺素等制剂，似更为合理，服用方法同消化性溃疡。
(2)对胆汁返流性胃炎的患者可使用胃复安和胆酪胺。胃复安有抑制胃和十二指肠逆蠕动，加速胃的排空，减少胆汁返流的作用，剂量为 10～20毫克/次，每日3次(餐前30分钟服用)；胆酪胺可与胃内胆盐结合，加速胆盐的排除，剂量为3～4克/次，每日4次，长期服用应注意营养吸收问题。胆汁返流严重者可考虑行胆总管空肠吻合术。
(3)糖类皮质激素仅适用于血清壁细胞抗体阳性，同时有恶性贫血的萎缩性胃炎患者，皮质激素对逆转粘膜病变可能有一些效果，一般采用短程疗法，长程疗法不必要，且有较多不良反应。
(4)对贫血的患者可根据病情肌注铁剂(如右旋糖酐铁)或维生素B12，有时需口服叶酸或口服复方阿胶浆。
(5)萎缩性胃炎而有胃酸低下时，使用链霉素等抗菌药物的价值值得怀疑。由于缺乏胃酸和胃蛋白酶并不影响食糜在肠道中的消化和吸收，使用多酶片等酶制剂的作用尚不肯定。对萎缩性胃炎缺乏胃酸者是否投予稀盐酸和胃蛋白酶合剂也有争议。
值得注意的是，因萎缩性胃炎极易癌变，所以对长期患慢性萎缩性胃炎的患者应定期检查以防癌变。