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CT的缺点是分辨率不很高，对于小于1厘米的病灶，对血管畸形往往难以显示，对于后颅凹与颅底的病变，由于骨骼重叠，伪影较多，也常给CT片的阅读以及疾病的诊断增加了困难，另外，放射线本身对人体也有一定的影响，增强扫描时病人对造影剂可能过敏，而且除横断面外，其他截面像也很难获得，因此限制了CT的应用范围。