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沙眼衣原体可引起前庭大腺炎、阴道炎、子宫颈炎、子宫内膜炎、输卵管炎、盆腔炎，妇女总感染率为17%，约3/4的感染者无症状，易被忽视，使感染长期持续、传播蔓延。
沙眼衣原体引起的宫颈炎，有粘液脓性分泌物，宫颈有充血、水肿、接触出血等，使精子不易上行，导致不孕。40%的宫颈炎伴有子宫内膜炎，如不治疗，数周后上行蔓延为输卵管炎。在阴道炎、宫颈炎的治疗中，如用冲洗法，将促使感染向上蔓延。
血清沙眼衣原体抗体阳性，多表示有沙眼衣原体性输卵管炎。反之，发现输卵管病变时，血清沙眼衣原体抗体阳性率高。沙眼衣原体引起的输卵管炎，症状不重，可无发热。腹痛较轻，但持续时间长，血沉快。腹腔镜检查，可见输卵管的炎症变化。由于反复感染，可引起输卵管腔粘连、阻塞、附件粘连、疤痕形成，导致不孕。
沙眼衣原体容易附着于人类的精子上，并随精子上行。因性交而反复带入沙眼衣原体，使输卵管反复感染，因此，应尽早积极治疗男方的沙眼衣原体感染。