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对于由牙髓病引起的牙周病变，尽早治疗牙髓病；病程短者，牙周病可望治愈；病程长、反复发作者，应拔髓、根管治疗，并常规行牙周治疗，消除感染，促使牙周组织愈合。对于逆行性牙髓炎，如果牙周袋能消除或变浅，病情能得到控制，可做髓病、牙周病系列治疗；若多根牙只有一个牙根有深牙周袋引起的牙髓炎，患牙不太松动，可在根管治疗和牙周炎控制后，截除患根，保留患牙；若牙周病变已十分严重，不易控制或患牙过于松动，可拔除患牙。对于牙周袋已很深，而牙髓仍有活力的，应做牙周治疗以消除感染，必要时做牙周翻瓣手术和调牙合，以待牙周病变愈合；若牙合病程长、牙周袋深、根分叉区受累的患牙，及经过牙周治疗效果不佳的患牙，应仔细反复地用多种方法的牙齿，应同时做髓病治疗，这样更有利于牙周病变的恢复。对于根尖周病变和牙髓病变相通的患牙，应做牙髓治疗和牙周基础治疗，观察半年后牙槽骨仍未修复或牙周病变仍未控制的，进一步做牙周翻瓣手术等牙周治疗。
治疗的主次是以病源为主的。若不能确定是牙周病引起还是牙髓病引起，则对死髓牙先做牙髓治疗，配合牙周基础治疗；对活髓牙则先做系统的牙周基础治疗和调牙合，若疗效不佳仍有牙痛者，再进行牙髓治疗。