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关于疱疹样皮炎的发病原因，目前尚未有定论，大多数学者认为该病与患者免疫异常及小肠病变有关。
(1)免疫异常 在患者的皮损和正常皮肤真皮层有免疫物质沉积，在荧光显微镜下可见到它们呈颗粒状。另外，大约70%的患者血中可以找到特殊的抗体及免疫复合物。这些均提示疱疹样皮炎与患者自身免疫异常有关。
(2)肠病变 约70%～90%的患者有小肠病变，临床表现为大便溏泻，做大便常规检查，会发现很多脂肪小颗粒，这说明患者肠功能异常。做组织病理检查，会看到小肠粘膜的绒毛萎缩变平，粘膜下有淋巴细胞浸润，如果患者吃了含面筋(学名谷胶，又名麦胶)的食物，如小麦、大麦、燕麦、黑麦，就会使患者皮肤症状及肠功能异常加重，假如给予不含面筋的食物，皮损和肠功能异常就会改善。这说明疱疹样皮炎患者存在对谷胶的敏感性。