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坏细菌有威尔斯菌、梭状芽孢杆菌、葡萄球菌、绿脓菌等许多种类的细菌。
至于大肠菌如果数量太多，就会给人体带来不良的影响。而且，有几种大肠菌还具有病原性。因此，也可以说是属于坏细菌;不过，大肠菌也具有合成维他命或防止人体受到感染的作用。所以，说起来也算是一种“投机细菌”。
坏细菌的作用正好与好细菌相反，会使肠内的蛋白质或氨基酸腐败，形成对人体有害的物质。这是使血压上升，促进老化的原因;有时亦会制造致癌物质。总之，为了维持身体的健康，应尽可能将这种坏细菌从肠内驱除。而且，最好能使好细菌的数量增加。
事实上，有助于好细菌增加的是，前面稍微谈到的大豆低聚糖。肠内的双歧杆菌和大豆低聚糖，两者的关系就好比是大海中的鱼和浮游生物。
简单说，大豆低聚糖是双歧杆菌的食物，对双歧杆菌的繁殖具有莫大的作用。