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1348年爆发黑死病期间，许多芳香植物与药草，像大蒜、松树、乳香、迷迭香、尤加利等，广泛地被运用在安置病人的修道院、医院里燃烧，藉使其空气清鲜，帮助病人呼吸，并保护工作中的修道士与医护人员。后来有人说中世纪正是芳香植物和香料把人类从瘟疫中拯救出来。当时人们把乳香、素馨、薰衣草、肉豆蔻、苦艾、没药、沉香、月桂、迷迭香、紫苏鼠尾草、玫瑰花、接骨木等香料加到篝火中燃熏，有效地阻止了瘟疫的蔓延。
17世纪时，英国流行鼠疫，英国有一个小镇伯克勒斯伯是当时的薰衣草贸易中心，由于小镇的空气中总是弥漫着薰衣草的芳香，所以，该镇当时竟奇迹般地避免了黑死病的传染和流行。17世纪时，植物精油消炎抗菌功效已获科学实证，也愈来愈受到正统医学的重视。
中国很早就懂得焚烧艾叶、菖蒲等来驱疫避秽，每年端午节熏燃各种香料植物以杀灭越冬后的各种害虫以减少夏季疾病，这个传统一直流传至今(尤其是在农村)。举行各种宗教仪式和重大的宫廷活动中也要焚香以清新空气、清洁环境。富贵人家在重大活动前要沐浴更衣、焚香，这些都有益于身心健康。古人用芳香疗法来医治疾病，绝大多数是采用熏蒸法，特别是四大文明古国的宗教徒们礼拜，常常燃点艾叶、菖蒲、乳香、沉香、檀香、玫瑰花等芳香物，用以驱逐秽气、杀虫灭菌，对一些病人的治疗也有一定的效果。
上个世纪60年代初，法国政府在进行肺结核病普查时，发现蔻蒂(Coty)香水厂的女工们没有一个患有肺病。这个现象促使人们对各种香料、特别是天然精油的杀菌抑菌作用重视起来并深入加以研究。已经证实的有：精油中的苯甲醇可以杀灭绿脓杆菌、变形杆菌和金黄色葡萄球菌；苯乙醇和异丙醇的杀菌力都大于酒精；龙脑和8-羟基喹啉可以共灭葡萄球菌、枯草杆菌、大肠杆菌和结核杆菌；鱼腥草、金银花、大蒜等挥发油对金黄色葡萄球菌等有显著抑制作用；黄花杜鹃、满山红、百里香等芳香植物的挥发油有镇咳、祛痰、平喘等作用。
今天，在澳洲，医院使用植物精油取代化学消毒水的情形很普遍，为的是给病人一个更洁净无菌的就医环境。至今，包括法国、伊朗、澳洲、美国、南非、德国、瑞士等国，早已开启医学的芳香疗法临床试验，并具相当成效。