HCV山东株C区的基因序列分析

HCV山东株C区的基因序列分析

中华微生物学和免疫学杂志 1999年第3期第19卷 病毒学

作者：王笑峰　张文卿　于红　邵济钧　赵炳文　高素珍

单位：王笑峰　张文卿　于红　邵济钧　266021 青岛大学医学院微生物教研室；赵炳文　中国预防医学科学院病毒学研究所；高素珍　青岛市中心血站

　　丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)为RNA病毒，其基因组的变异性较大，不同地理区域分离株的基因组结构有较大差异，根据病毒编码区和非编码区核苷酸序列的不同可把病毒分为不同的基因型。对HCV基因型的研究国内外均有报道。本研究采用C区基因的核苷酸序列作为HCV基因分型的依据，对山东省HCV地方株的C区进行了序列测定及分析，以摸清山东省HCV地方株的基因型。

　　应用RT-nested-PCR方法从山东省4例HCV抗体阳性血清中成功地扩增出了C区基因的一个片段(432bp)，对其进行了TA克隆及测序，并通过DNASeq软件和GeneBank进行了序列分析和系统发生树分析。对得到的4个山东省HCV分离株C区432bp的核苷酸序列与GeneBank里所有的HCV分离株的序列进行了比较，结果表明其中3个分离株SHD-1、SHD-2和SHD-3与基因型1b的HCV分离株同源性最高，与多个1b型分离株的相应序列核苷酸同源性在95%以上，与典型的1b型分离株HPC1B1的同源性分别为96.752%、97.216%、97.680%，与中国河北株HPCCGENOM的同源性分别为96.752%、96.752%、97.680%，而与中国北京株HCU63376的同源性则高达98%以上，其推导的氨基酸同源性为(94.444～97.619)%。由此可见此3个分离株属HCV1b基因型。而另一分离株SHD-4与典型的2a型分离株HCCOPRP的同源性为96.919%，与同属于2a型的日本株HPCHCJ5同源性为96.682%，其推导的氨基酸同源性皆为97.619%，则应将其归为2a型。本研究首次证明了1b和2a为山东省HCV流行株的基因型，且1b＞2a，与我国大部分地区HCV的流行情况一致，填补了山东省在该项研究领域的空白，并为进一步开展HCV感染的病原学、流行病学、临床诊断和治疗及疫苗的研制等提供了依据。

　　本课题为山东省科委基金资助 ( 编号：961226722)

(收稿：1998-11-19　　修回：1999-01-07)