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二十一世纪消化性疾病的临床研究将向以下六个方向发展：
(一)临床研究和基础研究相结合 本世纪是基础科学迅猛发展，在临床上的应用突飞猛进的时代。生理、生化、病理、神经内分泌学、分子遗传学、免疫学、核医学、放射医学等以及由这些学科建立起来的诊断、治疗技术，用于临床后对消化病学的发展起了巨大的推动作用，许多消化病的发病机制和防治有了新的概念。进入90年代后，在全国人类基因组科学界和医学界的共同努力下，我国一些消化病的基因分离和结构、功能研究已经获得了重要进展。临床和基础研究相结合是我国医学界长期的科研方向，必须继续坚持。希望临床人员学习有关本专业的基础科学知识和研究方法，以利于研究工作的深入开展。
(二)现场调查和实验研究相结合 80年代至90年代，我国已建立了若干个消化系统肿瘤的研究现场。这些现场不仅给我们提供了流行病学的宝贵资料，而且是施行早期诊断和病因阻断的实验基地，为我们建立样品库、数据库，提供多方面的实验研究创造了良好的条件。为此，必须充分利用这一条件，从现场到实验室，从实验室又返回现场，这样反复结合，验证我们的科研成果。
(三)临床流行病学和分子流行病学相结合 作为人口大国，我们拥有世界上最丰富的疾病人群资源(包括群体、家系和个体)。随着时代的发展，我国疾病谱正在发生历史性的转变。除肿瘤外，也应对消化系统一些常见病(如消化性溃疡)或发病率升高的疾病(如溃疡性结肠炎)的患病率、地理分布、发病规律等进行人群调查，并首先对一些有遗传规律或家族遗传性疾病进行分子流行病学研究，以期通过人群资源的研究，了解其致病基因的规律。在这方面，我国与国际上的差距较大，但潜力很大。
(四)积极提倡开展随机对照试验研究 现代医学正在从“经验医学”模式转化为“循证医学”，即强调任何医疗决策的确定都应从客观的临床科研依据出发。因此，对临床上的任何诊断方法或治疗措施，特别是新方法和新措施，都应经过随机对照试验的科学评价。我们要积极提倡并组织对新方法和新药物施行多中心的随机对照研究。对某一药物或疗法，定期收集、筛选出符合质量标准的文章，进行综合分析评价，得出可供临床参考的结论。
(五)开展中西医结合的研究 临床实践要利用中、西医药两套本领。对中医行之有效的方法要进行有对照的深入研究。
(六)学习并进行药品经济学分析 目前医疗费用急剧增长，国家和个人都面临医疗花费的沉重负担。对临床医师的要求，已不仅是懂得如何治病，更要了解如何“少花钱而治好病。”因此，要学习运用卫生经济学的分析方法对新药和新的诊疗手段进行“成本—效果分析”，作近期效果和远期效果的评价。
十个有意义的参考课题为：
(一)幽门螺杆菌
流行病学方面，研究不同年龄段Hp在国内更广泛人群中的分布。有关细菌与疾病的关系：Hp与慢性胃炎的关系，根除Hp后萎缩性胃炎和肠上皮化生是否可逆转?尚需长期的追踪观察；在各种胃疾病中Hp与细胞凋亡和增生的关系、Hp与胃癌的关系需进一步确证。细菌分型与各种胃肠疾病的关系要进一步论证。防治方面：抗Hp疫苗的实验研究；降低细菌耐药性的问题；适合我国不同地区的Hp治疗方案待确定。在基础研究方面，细菌和胃粘膜防御机制之间的相互作用关系；细菌自身基因结构与功能关系的探讨等。
(二)消化道肿瘤的早期诊断和治疗
消化系四大肿瘤的病因控制，食管癌和肝癌已有苗头，胃癌和肠癌的病因探讨和人群阻断问题有待进一步研究；观察乙肝疫苗普及后的肝癌发病率；简化筛查手续、寻找更敏感和更特异的肿瘤标志物；肿瘤相关基因位点的定位，基因诊断和基因治疗的研究等。
(三)病毒性肝炎
扩大我国农村乙肝疫苗的接种覆盖面积；研究新一代抗肝炎病治疗方法，如DNA疫苗、基因治疗、重症肝炎的抢救措施、人工肝支持系统等。
(四)胃肠动力性疾病
迫切需要建立胃食管反流病的临床、内镜和病理诊断标准，了解该病的食管外表现；探讨反流性食管炎和食管癌的关系；根据病情轻重制定合理的治疗方案并进行有对照的长期疗效和安全性的观察。
对肠易激综合征要作为一种心身疾病的模式来进行研究。开展流行病学调查进一步了解人群分布和疾病的诱发因素；制定适合国情的诊断标准和疗效评定标准；探讨感染因素、精神因素及胃肠动力学改变等和临床分型的关系；外在诱因及机体免疫调节和发病的关系；着重研究精神心理因素对该病的影响；摸索更有效的治疗方法：药物治疗、认知治疗和心理治疗等综合疗法。
(五)胃炎和功能性消化不良(FD)
需要对胃炎的分类制定统一的诊断标准和疗效评定标准；对各类型胃炎的药物治疗(包括中药)进行与安慰剂组的比较。要研究FD主观症状和客观指标的关系；进一步研究国人的FD和性别、年龄、胃酸、胃肠(胆道)动力、精神心理因素、内分泌状况、Hp感染以及胃炎类型的关系，以最终确定其病因和疾病的概念。
(六)炎症性肠病
通过临床和基础研究进一步探讨Crohn病和溃疡性结肠炎的病因、免疫调节异常以找出与发病有关的重要环节；进行临床流行病学和群体遗传基础的研究；探讨新的诊断标志物；观察新的治疗药物，如丁地去炎松、肿瘤坏死因子等；与普外科研究开展新的治疗手术。
(七)老年消化系统疾病
我国已有1/4的省市老年人口超过总人口数的10％，预计在2000年以后将进入老龄化社会，对某些老年性消化疾病防治的要求将更加迫切，如萎缩性胃炎、消化道肿瘤、糖尿病性胃轻瘫、结肠性便秘、抗生素后的肠菌群失调、缺血性肠炎等，要结合老年的特点对这些疾病的防治研究投入更多的力量。
(八)治疗内镜和介入治疗
食管静脉曲张内镜下治疗方法需进一步规范化、确定治疗适应证及疗效评价标准，以及与血管介入疗法、药物疗法及手术疗法进行比较并作出近期和远期的疗效评价。有对照地进一步开展对早期胃癌的内镜下治疗。对内镜下乳头切开取石术、支架放置术、狭窄扩张术以及肝动脉栓塞术等应进一步扩展到省、区级医院，每省建立1～2个中心。对一些治疗方法要作远期疗效追踪观察和评价。
(九)胃肠内外营养支持
进一步普及胃肠内营养；确定各种支持疗法的适应证；制定规范化的治疗措施和观察记录；进一步降低并发症率。
(十)器官移植
进一步开展原位肝移植，涉及到适应证的选择、扩大供体来源、保存期的延长以及改进免疫抑制治疗等。成人胰腺和胎儿胰腺的移植也应进一步探讨。