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Home医源资料库在线期刊中国热带医学杂志2006年第6卷第6期

网络环境下寄生虫学与寄生虫病的信息资源及获取

来源:中国热带医学杂志
摘要:1寄生虫学专业数据库*原虫数据库疟疾数据库由MalariaDatabaseUNDP/世界银行/WHO热带病专项计划资助,澳大利亚Monash大学和WalterEligaHall医学研究院维护,有关疟原虫核酸、蛋白质数据库。网址:http://www。au/MalDB-www/who。美国佛罗里达大学生物技术研究中心的JohnDame专为恶性疟原虫建立了一个基因序列标签数......

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    The information resources of parasitology and parasitic diseases on internet and the skill for acquisition.

  XU Jing,WANG Jin-xiang.

  (Shangdong Provincial Institute of Parasitic Diseases,Jining272033,Shandong,P.R.China)
     
    Internet是世界上用户最多,影响最大的计算机网络,也是最大的信息资源和传播工具,其信息数量庞大且杂乱无序,快速准确地获取所需信息是业务人员提高临床业务水平、进行科研选题与设计、撰写学术论文所必需的。是当前业务人员面临的新问题。因此,有必要对寄生虫学和寄生虫病信息资源及获取技巧做一介绍,供寄防工作者参考。

  1 网上资源
   
  1.1 数据库资源
   
  1.1.1 寄生虫学专业数据库
   
  *原虫数据库
   
  疟疾数据库由Malaria Database UNDP/世界银行/WHO热带病专项计划资助,澳大利亚Monash大学和Walter&Eliga Hall医学研究院维护,有关疟原虫核酸、蛋白质数据库。网址:http://www.wehi.edu.au/MalDB-www/who.html。
   
  美国佛罗里达大学生物技术研究中心的John Dame专为恶性疟原虫建立了一个基因序列标签数据库,网址http://para-site.arf.ufl.edu/malaria.html
    
  http://parasite.arf.ufl.edu/path/pfgstp/oldsite/index.html
   
  由WHO欧洲委员会和USIAD共同资助了一个疟原虫抗原数据库。其中详细列举了疫苗候选抗原、抗原的功能、来源、处于生活史的四个阶段以及抗原基因在染色体上的定位等。网址:http://ben.vub.ac.be/malaria/mad/agall.html.
   
  恶性疟原虫染色体图谱最新信息Ross Coppel's疟疾数据库,网址:http://www.Wehi.edu.au/biology/malaria/who.html.
   
  利什曼原虫单克隆抗体和基因组计划数据库:http://www.bdt.org.br/bdt/leish-1/
   
  弓形虫“EST”数据库。网址http://www.cbil.upenn.edu/ParaDBs/Toxoplasma/index.html
   
  *蠕虫数据库
   
  AceDB线虫综合数据库,它的原始库在Sanger中心,但可从许多其他网点读取:ftp://Sanger.ac.uk(/pub/acedb ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/acedb ftp://lirm.lirm.fr(/pub/acedb ACeDB数据库本身又是一个数据库管理系统,可以免费下载。库内资源包括限制性酶切图谱、基因结构信息、质粒图谱、序列数据、参考文献等。
   
  丝虫基因组数据库由WHO资助,欧洲生物信息学研究所的Martin Aslett建立了一个寄生虫基因组主页:http://www.ebi.ac.uk/parasites/parasite-genome.html这个网络与七个基因组相连,主要涉及丝虫基因组数据库,除了通过www进入该主页,还可以发e-mail至mark.blaxter@ed.ac.uk来获取有关信息。 最近公布了几个新的有关丝虫基因组和线虫种系发生的站址:http://helios.bto.ed.ac.uk/mbx/fgn/filgenl.html(FilGenNet)http://helios.bto.ed.ac.uk/mbx/fgn/pg/pa rasite-genome.html(Parasite Genome)
   
  http://helios.Bto.ed.ac.uk/mbx/fgn/wow/webworm.html http://www2.Ncbi.nlm.nig.gov/dbST/dbest-query.html
   
  有两个有关盘尾丝虫属(Onchocerca)的数据库OnchoNet分别在美国和英国建立,它们是:http://math.smith.edu/~sawlab/OnchoNet/OnchoNet.html和http://helios.bto.ed.ac.uk/mbx/On-choNet/OnchoNet.html收录盘尾丝虫病文献的工作由Edna Mc-Connell基金会资助,其内容包括流行病学、病理学、生物学、抗原以及基因组文库等。
   
  SGN由WHO、UNDP(联合国开发计划署)和世界银行共同创建了一个血吸虫基因组网络(Schistosoma Genome Network,SGN),对所有致力于建立血吸虫基因组数据库的实验室开放,正式的工作计划发布在:http://www.who.org/programmes/WHO-Programmes.html到目前为止,已测定取自血吸虫的卵、肺期、成虫、子孢蚴、RT-PCR cDNA库等的大约3500个克隆,确定了2900个EST序列,其中的大部分序列已被收入EST数据库:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html.
   
  WHO血吸虫病基因组网络允许通过BIOSCI(http://www.bio.net/)交换各种信息资源,此外Dave Johnston(电子邮件地址:daj@nhm.ac.uk)也可提供有关血吸虫的cDNA克隆和EST序列信息。
   
  *昆虫数据库
   
  MsqDB即蚊子基因数据库(Mosquito Genomics WWW Serv-er),包括多种蚊子的遗传和物理图谱,网址:http://klab.agsci.colostate.edu/acedb/MsqDB-acedb.html按蚊数据库网址:
   
  http://konops.imbb.forth.gr/AnoDB/
   
  Ontario昆虫学会网址:http://www.utoronto.ca/forest/eso/eso.htm
    
  Victoria昆虫学会网址:http://home.vicnet.net.au/~vicen-to/vicent.htm
   
  昆虫化学生态网址:http://www.slu.se/errordocs/missing.html,关于医学昆虫学中昆虫媒介的信息,可访问:http://www.ent.iastate.edu/List/,它包括从蜱螨学到媒介生物学的各种资料。
   
  *其它寄生虫学网站
   
  隐孢子虫研究网址:http://www.personal.ksu.edu/coccidi-al/Striepen lab page一个研究弓形虫的实验室的主页:http://webs.cb.uga.edu/~striepen/index.html
    
  The Toxoplasmosis Trust含弓形虫一般信息,较实用,网址:http://www.toxo.org.uk/welcome/
   
  Toxoplasma Database of Clustered含弓形虫病的咨询信息,网址:http://61.138.14.34/adver/yjs/
   
  弓形虫研究网站网址:http://www.sas.upenn.edu/~striepen/
   
  血吸虫基因组计划主页网站:http://www.nhm.ac.uk/hosted_sites/schisto/
   
  WORMLAND蠕虫网站,含蠕虫神经研究方面的信息:http://www.soton.ac.uk/~djab/
   
  1.1.2 综合数据库 美国医学文献数据库(MEDLINE)-http://www.medline.com是由美国国家医学图书馆(NLM)建立的大型医学文献数据库,是全世界信息量最大,使用频率最高,影响最为广泛的医学信息资源,是世界上权威医学文献库之一。收录范围涵盖全世界70多个国家的近4000种生物医学期刊,每年提供约40万余篇文献,每周更新一次。数据库内容广泛,包括医药卫生各个领域及相关生物医学领域 [1] 。
   
  PubMed数据库-http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/medline.htlm,是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的用于检索MEDLINE数据库的网上检索系统。
   
  中国生物医学文献数据库(CBMdisc) http://www.imi-cams.ac.cn/cbmdisc/cbmdisn.html,收录了1982年以来近千种生物医学期刊的约120万篇文题目录,内容涉及基础医学、临床医学、预防医学、药学、中医学以及医院管理等领域。
   
  CNKI期刊数据库 http://www.cnki.net/,是清华大学、中国学术期刊(光盘版)电子杂志社等联合办的一个大型知识仓库网站,医学文献检索提供免费提录数据库和收费的全文数据库两种类型。
   
  万方数据资源系统 http://www.chinainfo.gov.cn/period-ical,可查询60多个数据库,授权用户可获取全文。
   
  1.2 虚拟医学图书馆 国家科技图书文献中心(NSTL)-http://www.imicams.ac.cn/medsite/guide.htm该网络信息服务系统可提供包括中国医学科学院图书馆等在内的8个国家级科技文献机构的丰富馆藏,可免费检索理工农医等学科的近4000种中文科技期刊,13000多种西文科技期刊和3000多种西文会议文献,该系统注册并交纳一定数额预付款的用户,凡是从NSTL网上检索到的题录都可请求文献全文服务。
   
  北京大学医学馆-http:/http://library.bjmu.edu.cn/#
   
  中国医科大学图书馆-http://www.cmu.edu.cn/lib/in-dex.htm
   
  1.3 专业期刊 据不完全统计,世界上的寄生虫学期刊上百种,其中大多数国外主要寄生虫专业期刊都设立了网站,由此搜寻每一期的目录、作者、论文摘要等,有的期刊还提供全文,供免费下载 [2] 。
   
  Molecular and Biochemical Parasitology http://www.elsevier.nl/gej-ng/29/42/21/show/toc.htt(部分可提供全文)
   
  Exp Parasitology http://www.academicpress.com/ep Parasite immunology
    
  www.blacksci.co.uk/~cgilib/jnlpage.bin?Journal=
   
  PIMM&File=PIMM&Page=aims Parasitology today(Trends in Parasitology)http://journals.bmn.com/journals/list/latest?jcode=pt
    
  Acta Tropica http://www.elsevier.nl/gej-ng/29/42/22/show/toc.htt(部分可提供全文)
   
  International Journal for Parasitology http://www.elsevier.nl/gej-ng/29/42/23/show/toc.htt
    
  Parasitology Internationa http://www.elsevier.nl/gej-ng/29/42/24/show/toc.htt(免费试用)
   
  Proc.Natl.Acad.Sci.USA http://www.pnas.org/(免费全文)Insect Molecular Biology
    
  http://www.blackwell-science.com/~cgilib/jnlpage.bin?Journal=IMB&File=IMB&Page=aims(网上有全文,但需要购买)

  1.4 虚拟医学会议 http://www.web-xress.com/athens/in-tern.html,主要介绍Internet上召开的医学学术交流会及时间。
   
  2 获取技巧
   
  2.1 搜索引擎的使用
   
  2.1.1 关键词检索 利用网上搜索引擎,将需要查找信息的关键词按照一定的逻辑组配形式输入检索框内,然后按下检索按钮,即可检索出所需信息的结果,如Excite、Google中,可以快速搜寻到寄生虫学有关组织机构、期刊杂志、研究所、会议公告等信息。Webcrawler、Opentext等还能提供全文检索。此外,不同网站提供的检索机制不同,在关键词检索的基础上还可以进行高级查询和加权查询,使检索结果更精确。
   
  2.1.2 分类检索 Internet上有一些优秀的检索工具,根据不同的设计目的、发展走向,设定检索技巧和方法,遵循一定的原则将普通信息进行分类,每一大类下又分成若干小类,用户可根据自己的需求直接到各个类目下查找,然后层层展开,检索所需信息 [3] 。国内著名的搜索引擎,比如中文雅虎、新浪、网易、搜狐等,在其中的健康、医学类目中都包含有寄生虫病学信息,只是根据检索的要求,应注意区别搜索引擎的选择,达到事半功倍的成效。
   
  
  2.1.3 网址查找 利用医学专业搜索引擎搜寻网址。医学专业搜索引擎专业性很强,提供信息价值高,可以直接查询文献信息,如Medical Matrix(http://www.mdematrix.org)提供In-ternet临床医学资源指南、医学新闻、杂志等网络地址,并可定期提供网上新增医学节点的信息;Achoo(http://www.achoo.com)搜索Internet医学信息资源;Med Web Plus(http://www.medwebplus.com)提供网上生物医学资源目录,其链接的信息每日更新;Medscape(http://www.medscape.com)等能获取有关寄生虫学资源网址,带领用户进入所查询的最佳网站。
   
  2.2 常用网址 中国预防医学科学院http://www.capm.ac.cn既有亚洲血吸虫病防治与检测、中国疾病检测系统等大项,还有美国国立卫生研究院(NIH)、联合国儿童基金会(U-NICEF)、世界卫生组织(WHO)美国疾病控制与预防中心(CDC)链接。此外,该网站对寄生虫病研究所等院属研究所,《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》等15种期刊进行了介绍 [4] 。
   
  美国疾病预防和控制中心和美国寄生虫学家学会网址:分别是http://www.cdc.gov/http://www.museum.unl.edu/asp/
   
  Infectious diseases WHO感染性疾病网,网址:http://www.who.int/health-topics/idindex.htm亚洲血吸虫病研究与防治http://www.capm.ac.cn/r/C.htm
   
  亚洲血吸虫病防治与检测http://www.rnas.org医学寄生虫学信息网http://www.jsc.tmmu.cn
   
  健康国际网络网页http://www.healthinternetwork.net医学院校的Homepage
   
  每个院校的Homepage都有自己的院校或专业特色。或哪一学科为特色,或哪一学科为主流。即从这个网点入口,一方面可以获取学科的科研动态、最新信息、院校数据库、实验室资料、另一方面还可以通过该网址链接到相关医学院校及其它医学资源网址,从而扩大医学信息资源的获取范围。

  2.3 免费资源利用
   
  2.3.1 全文免费综合网站
   
  *high wire press其网址是http://Highwiee.Stanford.eduhttp://intl.highweir.org世界上最大提供免费文献全文网站之一 [5] 。主要提供生物学、医学、自然科学和社会科学方面的期刊文献。期刊的免费形式有三种:Free Trials(免费试用期刊,在试用截止期限内均可以浏览下载全文)、Free Journals(完全免费的期刊)、Free Back Issues(该种期刊最新出版的几期不免费,只有免费回溯期前的才能看到全文)。例如“13free trial”表示有13种期刊在限定的时间内能免费试用;“15free journals”表示有15种期刊的所有文献都能免费提供全文;“123free back issue”表示有123种期刊能免费提供过刊;“165pay-per-view”表示可单篇付费获得全文。另外,有43种期刊的所有文献供发展中国家免费使用。
   
  在期刊列表也有不少标注,其含义如下:“new”表示该出版物加入时间不长;“info”表示有该出版物介绍的页面,“soon”表示该出版物不久将加入;“free issue”表示该出版物在某段时间内文献是免费的;“free site”表示所有文献都是免费提供。“free trial”表示在限定的时间内所有文献都免费试用。
   
  *freemedicaljournals其网址是http://www.freemedi-caljournals.com [6] 由Amedeogroup创建的,提供免费医学期刊全文。目前,该网站已收集970种免费全文期刊信息。这些期刊不仅有英文的,还有法文、西班牙文等14种文字的期刊。用户可以向网站推荐免费的期刊,经注册后,还可以收到网站发来的最新免费期刊的通知。
   
  检索该网站期刊有专业(specialty)和字顺2种途径。
   
  *Biovisa其网址是http://www.biovisa.net [5] 由一群生命科学研究工作者利用业余时间建成的。建此网站的目的是利用先进的因特网技术帮助研究人员获取生物医学信息。网站收集的网上生物医学资源都经重新编排,因而很容易查找。另外该网站提供个性化服务,注册用户可以对有兴趣的期刊作标志后,就能把期刊保留在“MY BIOVISA”里。Biovisa收集了1601种在线生物医学期刊的信息,并将其细分为22类。点击Bio-visa主页上的“journal”,可见这22类里核心期刊的种数与期刊总数。其中第一类就是“A Collection of Free Journals”,有187种免费期刊。点击进入“A Collection of Free Journals”,可获得这些期刊提供免费全文起始时间的信息。

  2.3.2 全文免费期刊 [6]
    
  *Science《科学》http://china.sciencemag.org/
   
  *Proceedings of National Acad.Sciences USA《美国国家科学院会刊》http://www.pnas,org  [2]  *Journal of Biological Chemistry《生物化学杂志》Http://intl.jbc.org
   
  *Nature《自然》(可以看到三分之一的全文)http://www,nature.com/
   
  *Lancet《柳叶刀》http://www..thelancet.com
   
  *British Medical Journal《英国医学杂志》http://bmj.com [2] *FASED Journal《美国实验生物学会期刊》(免费回溯期一年)http://www.fasebj.org/
   
  *Emerging Infectious Diseases Journal http://www.cdc.gov/ncidod/eid;;Morbidity ang Mortality Report http://www.aca-demicmedicine.org/Academic Medicine http://www.aca-demicmedicine.org/《美国疾病控制与预防中心的发病率和死亡率周报》
   
  *Journal of the American Medical Association《美国医学会杂志》http://jama.ama-assn.org/
   
  *New England Journal of Medicine《新英格兰医学杂志》http://content.nejm.org/
   
  *英国皇家学会的两种刊http://china.catchword.com:Proceedings:Biological Sciences,Philosophical Transactions:Biological Sciences,这是国家科技图书中心购买的电子期刊,目前国内高校均可以使用。进入网站后按首字选择期刊名即可对这两种期刊进行浏览。
   
  由于网络资源存在时效性和多变性的特点,免费期刊的网址也会因各种原因发生变动,有些期刊会在一定期限后不再免费,而同时又会有另一部分期刊加入到免费行列中。因此掌握其搜寻途径,定期进行查找,就显得更加重要。
   
  3 讨论
   
  Internet上的寄生虫学信息资源分布分散,数量庞大,增长迅速,给检索和利用带来很大困难,因此,应首先熟悉网上寄生虫学科资源,尽可能做到有针对性的查找。平时多浏览网上医学资源表和医学指南,多与同行交流;其次要了解各种搜索引擎的优缺点。因为每一个搜索引擎都有不同的侧重点,没有一个搜索引擎能涵盖所有的网络资源,因而,可根据自己的熟悉程度及需要和搜索引擎的不同特点,选择合适的搜索引擎,来进行相应的检索;第三,在检索时,要注意检索词的选择,检索词的准确性很大程度上决定检索结果是否准确,必须尽可能使用精确的逻辑组配来表达课题内涵;第四,要注意收集一些有用的学术性强的网址,并随时进行补充更新;第五,学会向国内外著名图书情报机构、文献服务部门、出版商乃至直接著者寻求帮助。

  参考文献:
    
  [1]王铁成,熊第志,张文玉.Internet生物医学应用[M]北京:人民卫生出版社,2000,170~171.
   
  [2]http://jsc.tmmu.com.cn/parares/[OL].
   
  [3]刘静.论网络信息检索[J].图书情报工作,1999,(1):42.
   
  [4]刘国栋.互联网上的寄生虫学与寄生虫病信息资源[J].实用寄生虫病杂志,2003,8(4):190~192.
   
  [5]黄凯文.获取网上医学英文期刊免费全文的方法[J].中华医学图书情报杂志,2003;12(2):40~42.
   
  [6]严大香.Internet上生物医学全文免费期刊的利用[J].医学情报工作,2003;(5):339~340.
  

 

 

作者: 徐靖,王金祥
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