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2006年2月9日北京大学医学部2002级8年制基础专业33名学生到达深圳，开始了在北京大学深圳临床学院半年的桥梁课和临床课的学习历程。8月2日学生们顺利完成了临床阶段的学习返回北京。
深圳临床学院的领导对首次承接医学部临床教学任务十分重视，医院在教学组织结构、教学设施建设、教学实施安排、授课人员安排和学生宿舍等方面全面组织建设，加大投入。带教老师认真备课，精心准备，同时各教研室广泛征求意见和建议，对课程安排也做了适当的调整，不断改进大课和见习课的教学方式和方法，简化教学评估条目，取得了满意的效果。同时在开拓学生视野，增强学生各方面能力上，深圳医院开展了一些特色活动。2006年3月学院组织同学赴香港科技大学参观、学习和学术交流，了解了生物学和生物化学专业方面的实验室设备，了解了香港大学生的文化氛围及发展方向。2006年5月又带领学生赴汕头大学医学院参观、学习，了解了他们将医学基础课、临床课和临床实践相互渗透的“系统整合”教学模式改革，了解了临床技能中心的设备和条件、实验室设备、实验条件和学术环境。这两次参观考察均收到很好的效果，香港科大和汕大医学院的老师们的对同学们的组织纪律、学习态度和学术水平，赞赏有嘉，反响很好。经过6个多月紧张、勤奋的教学与学习，老师和同学们都感觉收获颇丰。
在生活上医院也对一部分生活确实有些拮据的同学，给予了一定的生活补贴和补助，解除了他们的后顾之忧。同学们的生活非常充实，非常愉快。
2002级基础医学是北大医学部和北大深圳临床医学院合作的首批学生，半年中教育处、基础医学院的老师和深圳医学的老师密切联系，对学生的教学和管理工作的开展进行了良好的沟通和有效的探讨，为今后继续开展深入的合作打下了很好的基础。