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在激烈的医药市场竞争中，药物所以雄厚的创新药研发的技术储备优势，积极运用新药技术转移的多种方式，探索由向企业提供技术转让、技术服务等单一的服务，逐步拓展并形成了鼓励企业早期介入、注重知识产权保护和联合开发、风险共担、优势互补、利益共赢等新的服务模式和理念。在市科委召开的“第十届北京技术市场金桥奖暨2006年技术市场工作会”上，药物所荣获第十届北京技术市场金桥奖集体一等奖，新药开发部部长薛立明同志获个人二等奖。
2002年，我所与江苏恒瑞医药股份有限公司建立了联合实验室，并成功研发出具有自主知识产权的治疗类风湿性关节炎的新型抗炎镇痛新药——艾瑞昔布，该项目曾获2005年度中华医学会科技进步二等奖，目前正在筹备进行III期临床研究。2005年该实验室研发出第二个具有自主知识产权的创新药物——氯吲昔布，该品种正在进行临床注册中。这种企业早期介入的合作方式正在药物所创新药研发过程中不断完善。药物所一贯致力于创新药物的项目建设，目前有左黄皮酰胺、盐酸氯苯哌酮、布格呋喃、硝克柳胺、盐酸椒苯酮胺、氯吲昔布及桑枝总生物碱等一批具有自主知识产权的创新药物进入新药临床注册阶段。
随着与国内外医药企业及兄弟研发单位合作的不断增加、深入，药物所新药开发工作依托自身研发优势，吸纳整合行业资源，以“创新、求实、协作、共赢”的服务理念，争创医药行业技术转移的优秀团队，为医药科研成果的市场转化做出自己的贡献。