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一年一度的医学院“博士创新基金”评审工作于2006年12月13日举行，“博士创新基金”的前身是“博士学科点建设基金”。医学院在上海市财政的大力支持下，从2001年起开展此项工作，迄今已资助博士科研项目90余项。大大激发了博士生科研创新的热情，在院内营造了浓厚的学术氛围。为了使项目名称更贴近项目本身，从今年起医学院“博士学科点建设基金”更名为“博士创新基金”。
此次“博士创新基金”的申报工作遵循公开、公平、公正的原则，采取公开招标、公平竞争、公正评审的方式，通过博士生本人申请、导师和培养单位推荐，专家评审，综合测评后，确立入选项目。期间，各培养单位均进行了充分的准备，通过打擂台、专家预审等各种方式，推举出优胜者参加医学院的答辩。截止2006年11月25日，医学院共收到13个研究生培养单位的57份立项申请，涵盖了我院4个一级学科博士点的20个二级学科博士点。
本着“依靠专家、发扬民主、公正合理、择优资助”的原则，医学院组织了12位来自基础医学、临床医学的专家，于答辩前一周将所有项目申报书寄送专家，专家在阅读资料并听取申请人答辩的基础上，对申报项目进行全面的评审，以百分制的方式评出综合分和是否资助的意见。
拟获得立项的项目将在医学院网站上进行为期二周的公示。