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经上海交大医学院党委审定、由《上海交大医学院报》编辑部评选的医学院2006年十大新闻日前产生。这十大新闻是：
一、1月9日，附属新华医院上海儿童医学中心心胸外科苏肇伉等领衔完成的题为“危重婴儿先天性心脏病的急诊外科技术研究”荣获国家科技进步二等奖。10月27日，2006年国家自然科学基金资助项目揭晓，医学院共获120项，经费3663万元，项目数、经费数再创历史新高。其中国家杰出青年项目1项、重点项目3项、优秀国家重点实验室研究专项1项、面上项目113项、主任基金项目2项。
二、2月28日，常务副校长、医学院院长沈晓明任中共上海市科技教育工作委员会副书记、中共上海市教育委员会党组书记。7月6日，上海市委组织部副部长丁薛祥在我院宣布上海市人民政府的决定：任命朱正纲为上海交通大学医学院院长，任命黄钢为上海交通大学医学院副院长，任命陈国强为上海交通大学医学院副院长；宣布上海市委决定，唐国瑶同志任中共上海交通大学医学院委员会副书记、中共上海交通大学医学院纪律检查委员会书记；宣布上海市人民政府的决定：免去沈晓明的上海交通大学医学院院长职务。8月27日，校党委书记马德秀宣布了教育部党组、教育部决定，任命上海交通大学医学院院长朱正纲同志担任上海交通大学党委常委、上海交通大学副校长。
三、4月初，根据党中央部署，医学院系统启动了治理商业贿赂专项工作。5月30日，院治理商业贿赂领导小组成立。7月6日，院治理商业贿赂专项工作动员大会召开。院治理商业贿赂专项工作取得阶段性成效。
四、4月17日，医学院与卢湾区政府签订产学研合作协议及全面合作协议。
五、4月27日，医学院第八次教育思想大讨论拉开帷幕，领导小组组长、校党委副书记、医学院党委书记赵佩琪作动员报告，工作小组组长、院党委副书记黄红作了计划部署。12月29日，院党委召开全体委员（扩大）会议，就教育教学问题进行专题研讨。第八次教育思想大讨论工作小组组长、院党委副书记黄红在会上作了题为《一流师资队伍建设与创新人才培养》的工作总结。
六、5月19日，医学院“十五”“211工程”建设通过了以中国工程院院士、浙江大学医学院院长巴德年教授为组长的专家组评审验收。巴德年院士评价：“上海交通大学医学院已经成为我国医学院校的先头部队，被列入了第一方阵。”
七、5月25日，中国工程院院士、附属瑞金医院上海血液学研究所执行所长陈赛娟教授当选为中国科协第七届全国委员会副主席。
八、8月28日，“上海交通大学医学院附属精神卫生中心”揭牌。10月24日，“上海交通大学医学院附属国际和平妇幼保健院”揭牌。
九、10月11日，医学院党委发出《关于开展向金正均同志学习活动的通知》。10月12日，我校和《中国教育报》社联合召开“师者本色--学习金正均教授座谈会”。11月22日下午1时15分，金正均教授在附属瑞金医院逝世。12月1日下午3时，金正均教授追悼会在上海龙华殡仪馆大厅举行。
十、12月12日，医学院区人大代表选举工作取得圆满成功，三个独立选区选出易静、林宛兵、黄波、汪新四位正式代表，上报卢湾区选举委员会审核。