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在2009年到来之际，《上海交通大学学报(医学版)》经艾斯维尔文献数据库（Elsevier Bibliographic Databases）严格评审，自2009年起获准加入国际著名生物医学文献检索系统--荷兰《医学文摘》（Excerpta Medica Database, EMBASE）。这是《上海交通大学学报(医学版)》继被俄罗斯《文摘杂志》（AJ）、美国《化学文摘》（CA）、美国《剑桥科学文摘（自然科学）》（CSA: NS）、波兰《哥白尼索引》（IC）和日本科学技术社（JST）数据库等国际检索机构收录后又成功进入的一个著名的检索数据库。
2005年原上海第二医科大学与上海交通大学合并成立新的上海交通大学后，2006年原《上海第二医科大学学报》更名为《上海交通大学学报(医学版)》。更名后在校、院各级领导的关心支持及广大专家及作者的支持关注下，通过编辑部全体人员的积极努力，杂志的水平和质量逐渐提高。中国科学技术信息研究所统计2008年11月发布的年度引证报告显示，《上海交通大学学报(医学版)》的影响因子由2005年的0.187上升到0.427，相信未来“学报”将有更好的发展前景。
《上海交通大学学报(医学版)》在此感谢广大读者和作者对我们杂志的关心和支持，并欢迎大家踊跃投稿和订阅。