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教育部学位与研究生教育发展中心日前公布2009年全国学科排名。在第二轮81个一级学科的评估中，我院临床医学学科排名第一（2006年第一轮评估中排名第四）；生物医学工程学科排名第二（2006年第一轮评估中排名第三）；口腔医学学科排名第二（2006年第一轮评估中排名第三）；基础医学学科排名第四（2006年第一轮评估中排名第九）；药学学科排名第七（2006年第一轮评估中排名第十五）.
据悉，上海交通大学有36个学科参加2006--2009年第二轮评估，在第二轮评估中共有3个学科排名第一，有13个学科排名前五，有23个学科排名前十。