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科学家开发出一种新型microRNA深度测序分析软件

来源:生物通
摘要:十年前科学家们发现了microRNAs分子——一种可调控遗传编码的微小细胞分子,开启了深入了解人类疾病的科学世界之门。通过“深度测序”技术科学家们能够在遗传学水平上发现人类疾病的重要信息。Shomron博士说miRNAkey可在健康及疾病组织中搜寻microRNA,从而促进科学家们对于深度测序数据的理解。近日《生物信息学》(Bio......

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        十年前科学家们发现了microRNAs分子——一种可调控遗传编码的微小细胞分子,开启了深入了解人类疾病的科学世界之门。通过“深度测序”技术科学家们能够在遗传学水平上发现人类疾病的重要信息。现在,特拉维夫大学的科研人员开发了一种最前沿的技术能够更好地对结果进行分析。



        这种被称为“miRNAkey”的软件是由萨克勒医学院的Noam  Shomron博士领导的科研小组成员Roy  Ronen开发的。Shomron博士说miRNAkey可在健康及疾病组织中搜寻microRNA,从而促进科学家们对于深度测序数据的理解。



        近日《生物信息学》(Bioinformatics)杂志对该软件程序进行了详细的描述



        深度测序是一种用于检测细胞DNA或RNA的序列及表达的技术。一旦这些分子被抽提出来,科学家们就能读取数据提供的有价值的信息包括人类全基因组序列,基因表达以及可调控遗传表达的分子例如microRNA。深度测序技术使得生物学家们能够更深入地了解人类遗传学,揭示遗传错误发生的机制。



        Shomron博士说:“到目前为止科学家们对于microRNA持有的信息仍知之甚少。用计算机预测microRNA是一个非常复杂的任务,没有人能够仅通过一台局域电脑确定microRNA的确切功能。miRNAkey程序提供了解决的办法。miRNAkey是一种设计用于鉴定相关microRNA分子的软件。它能够检测microRNA分子的水平,生成有统计学意义的信息。



        “在鉴别microRNAs信息的基础上,我们能够对这些分子进行操作,”Shomron博士说道。其中一种有潜力的操作就是改变恶性肿瘤。在一项实验研究中,Shomron博士和他的研究小组成员鉴定了与侵袭性恶性肿瘤相关的microRNA分子。他们将健康的非侵袭性的microRNA分子插入到生病的侵袭分子中去。研究人员证实可导致模型动物肿瘤生长显著减慢。



        Shomron说科学家们利用miRNAkey软件可快速准确地分析深度测序获得的数据,从而可更深入地了解疾病行为,并通过这些信息建立有潜力的个体化治疗方法,开发出特异靶向损伤细胞的药物。



        Shomron  说:“miRNAkey拥有友好的用户界面,可用于在局域电脑上进行深度测序数据分析。此外,miRNAkey还拥有独特的特性包括统计学分析、多重读数测定以及提供microRNA表达的新型分析平台等。”



(生物通:何嫱)
作者: 2010-10-3
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