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《Cell》发表哺乳动物microRNA表达图谱

来源:生物通
摘要:6月29日《Cell》杂志发表的一张microRNA表达图谱提示,哺乳动物为数众多的microRNA只是起源于少数几个microRNA基因,而且组织或细胞特异的microRNA很少。该图谱对来自人类和啮齿类的26种正常、肿瘤组织的细胞的microRNA表达进行了定量测定。“他们掌握了一种极为有用的资源,”Dartmouth医学院VictorAmbros说(未参与实验......

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        6月29日《Cell》杂志发表的一张microRNA表达图谱提示,哺乳动物为数众多的microRNA只是起源于少数几个microRNA基因,而且组织或细胞特异的microRNA很少。

        该图谱对来自人类和啮齿类的26种正常、肿瘤组织的细胞的microRNA表达进行了定量测定。“他们掌握了一种极为有用的资源,”Dartmouth医学院Victor  Ambros说(未参与实验),他们在研究中收集的组织种类非常多,并对这些组织中的microRNA的特征进行了系统性分析。

        microRNA是动物、植物和病毒中普遍存在的非编码小RNA,通过干扰mRNA的功能调节基因表达。科研人员已经鉴定出多种哺乳动物microRNA,但对这些microRNA中大多数的表达水平和特征都是未知的。

        洛克菲勒大学Pablo  Landgraf率领的研究小组克隆并测序了256个哺乳动物小RNA数据库中的30多万个序列,找到了大约400个在任何组织都表达的microRNA——比之前预期的要少。约翰霍普金斯大学Joshua  Mendell说,这个结果提示在其它研究中找到的几个百microRNA是未知的。

        Landgraf等还发现他们测序的microRNA克隆中,97%的来自不到300个microRNA。文章共同作者、瑞士Basel大学Mihaela  Zavolan认为许多microRNA在各种组织间是低背景水平表达的(low  background  level),现在不能确定这些“痕量”microRNA的功能,但很有可能大多数microRNA的功能是不相关的。他们还发现这些稀少的microRNA在物种间的保守性很差。

        研究人员发现组织或者细胞特异的micro  RNA种类很少,相反,细胞系和组织之间的差异经常局限在一小部分普遍存在的microRNA的表达水平的变化。Mendell说缺乏细胞、组织特异的microRNA并不意味着microRNA没有区分肿瘤起源、组织或细胞的作用。真正重要的是一个给定样本表达的所有microRNA。

        此次研究只鉴别出33种新的哺乳动物microRNA。“这真是一件重量级研究,”Ambros说,意味着我们渐渐补全了哺乳动物microRNA的目录,至少是丰富了主要器官和组织的microRNA,还有可能某些功能重要的microRNA只在个别种类细胞中表达,所以没有被检测到。

        新绘制的microRNA表达图谱含有许多关于microRNA结构、序列、表达方式和进化的有用信息。Ambros认为这是一个基本数据库,为研究发育和疾病有关的microRNA世界提供了重要线索。(生物通  小粥)  
作者: 2007-7-3
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