自从人类基因组计划开始后，全基因组关联分析（Genome-wide Association Study, GWAS）被寄予厚望，科学家们期望这一技术能给疾病研究带来新的希望，期望一针见血地找到致病基因，直击疾病根源，甚至还制定了
癌症基因组的GWAS分析计划。一时间， GWAS的文章甚嚣尘上，一会有人找到了这个基因，一会找到了另一个……
据CMBI报道这一计划自2005年实施以来，已经陆续报导和公布了视网膜黄斑、
乳腺癌、前列腺癌、白血病、
冠心病、
肥胖症、
糖尿病、精神分裂症、风湿性关节炎等几十种疾病全基因组关联研究的结果。累计发表了近万篇
论文(9900篇)。确定了一系列疾病发病的致病基因、相关基因、易感区域和单核苷酸多态性(SNP)的变异，取得了很大成绩。
我国在十一五计划中亦对GWAS进行了优先安排，并获得了银屑病全基因组分析的结果。此外，在这一计划的推动下，还发展了一系列高效、快速、价廉的全基因测序和分析的新方法。将世界基因组研究推向一个新阶段。
现在三年已经过去了，其成果并不理想，与人们期望差距甚远。疾病的发病，早期预测，个体化的治疗并非像全基因组的分析那样简单。现在发现这种全基因组分析是高出低收，结果似是而非，有许多分析是无意义和不可靠的，甚至是不科学的。所获得的结果，庞杂无序，大多数的基因变异与疾病并不关联。在已实施的100余项GWAS和几千例患者样本的分析结果发现，许多基因变异都是罕见的基因变异而不是关键基因，有一些变异仅仅与疾病危险因子、诱发因子、影响因子有关，而不是疾病直接相关联的基因。
最近NEJM(09.4.15)和Nature(09.5.12)对全基因组关联分析进行了评论，认为全基因组关联研究不能急功近利，更不能过度炒作，夸大其辞，而应该回归理性，实事求是地进行更长远的科学分析和研究。
尤其是今年7月，加拿大的研究者在《Human Mutation》上发表了一个新的理论假设。他们认为，每个细胞中的DNA并不是完全相同的，因细胞所处的组织环境的不同，细胞内的DNA可能发生变化。
他们在实践中发现，组织细胞中的BAK基因与血细胞中的BAK基因就存在很大的差异。如果用GWAS分析这一基因的SNP，该取信哪个样本的结论？
GWAS分析是否该降降温？
（生物通 小茜）
作者：
2009-7-25