来自军事医学科学院
微生物流行病研究所，深圳华大基因研究院，英国伯明翰大学，以及中科院微生物研究所等处的研究人员在线发表了题为“Open-Source Genomic Analysis of Shiga-Toxin-Producing E. coli O104:H4”的文章，展示了快速的基因组测序技术和及时的数据共享给全球各科研领域所带来的巨大贡献，为应对全球重大突发性紧急公共卫生事件提供了一个全新的解决思路。这一研究成果公布在医学顶级刊物《The New England Journal of Medicine》上（影响因子为53.484）。
文章的通讯作者分别是军事医学科学院，深圳华大基因研究院杨瑞馥教授，以及伯明翰大学Mark J. Pallen博士。其中杨瑞馥教授早年毕业于河北医科大学，主要从事微生物
检验鉴定新技术(如基因芯片、蛋白质芯片、生物传感器、上转荧光技术等)和诊断新分子(如肽核酸和适配子)的研究、微生物法医学技术(如核酸指纹图、蛋白指纹图、脂肪酸指纹图等)的研究以及细菌基因组与蛋白质组的研究。参与此次研究的还有华大基因王俊，微生物研究所高福教授等。
据报道，德国负责传染病监督及预防的罗伯特-考赫学院7月26日宣布，肠出血性大肠杆菌
疫情在德国的爆发已经结束。这场疫情最终导致德国范围内50人死亡，仅汉堡医院就有3496名病人被诊断为感染肠出血性大肠杆菌，在德国以外的欧洲地区也发现了76名患者。另据悉，华大基因（BGI）和BioMed Central（简称 BMC ，生物医学中心）共同主办的《GigaScience》杂志已开始征集投稿并计划于今年11月份正式上线。
在此次事件中，华大基因和德国汉堡—埃普多夫大学医学中心的研究人员以最快的速度完成对致病菌的基因组测序及分析并向全球免费公开所有数据，并声明在公共领域许可证范围内，所公开的数据没有使用限制。该数据库的公开使得整个科学界在第一时间共享了相关数据信息 (
http://www.sciencemag.org/content/332/6035/1249.full,)，省去了从数据产生到文章发表的时间，为了尽快控制疫情奠定了重要的科学基础。
杨瑞馥教授认为，这一研究成果不仅对德国致病性大肠杆菌的进化起源和致病性等方面的研究打下了坚实的基础，更为重要的是为全球其他传染性疾病的应对机制提供了一个新的国际协作模式。
华大基因研究院副院长王俊教授表示：“基因组测序为鉴定和了解新型病原奠定了重要的基础，信息数据的免费、快速发布及共享能够极大地加速疾病诊断和治疗的过程，对大规模突发性公共卫生事件的快速应对具有十分重要的意义。”
目前肠出血性大肠杆菌(EHEC)的基因组草图也已经公布，来自德国明斯特大学和美国生命技术公司的研究人员通过将引发此次疫情的O104：H4型肠出血性大肠杆菌与2001年采集自一名溶血性尿毒症（HUS）体内的O104：H4型肠出血性大肠杆菌进行基因对比后，发现，两种菌株并非同源，引起此次德国EHEC暴发的O104:H4菌株来自一种肠聚集性大肠杆菌EAEC O104:H4 55989菌株的变异，其中还掺杂了一种目前未知的由志贺毒素产生的O104：H4菌株。
这项研究也说明了个人化操作基因组测序仪(PGM)和新一代测序技术(NGS)的重要性。研究人员认为虽然此前已有不少研究采用了新一代测序技术，但将其用于突发疫情的实时研究还尚属首次。
2011年7月28日，由深圳华大基因研究院、德国汉堡—埃普多夫大学医学中心、中国疾病预防与控制中心和军事医学科学院微生物流行病研究所等单位主导完成的德国致病性大肠杆菌国际合作研究成果在国际著名杂志《新英格兰医学》（The New England Journal of Medicine，NEJM）上在线发表(
http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa1107643
德国致病性大肠杆菌研究项目首次展示了快速的基因组测序技术和及时的数据共享给全球各科研领域所带来的巨大贡献，证实了信息数据的快速共享在公共卫生事件中可发挥至关重要的作用，同时也为应对全球重大突发性紧急公共卫生事件提供了一个全新的解决思路。
在此次疫情中，华大基因和德国汉堡—埃普多夫大学医学中心的研究人员以最快的速度完成对致病菌的基因组测序及分析并向全球免费公开所有数据，并声明在公共领域许可证范围内，所公开的数据没有使用限制。该数据库的公开使得整个科学界在第一时间共享了相关数据信息 (
http://www.sciencemag.org/content/332/6035/1249.full,)，省去了从数据产生到文章发表的时间，为了尽快控制疫情奠定了重要的科学基础。
据了解，华大基因的相关研究人员在收到样品后，3天内完成了大肠杆菌基因组的测序和初步组装，确定该菌株属于血清型O104，并及时将相关基因组序列数据公开分享，促进了全球生物信息学家的通力合作；在数据发布的24小时之内，完成了对该大肠杆菌的基因组组装；在数据发布的2天后，研究人员发现引起此次爆发的菌株与2001年在欧洲分离的菌株01-09591及2002年的中非分离株55989有高度相似性并展开进一步分析比较；5天后，研制出该大肠杆菌的诊断试剂盒并向全球范围内无偿提供检测实验方案及所需引物序列信息；2周内全球的研究人员在维基百科中公开了24篇关于该菌株的毒力、抗性基因、进化等方面最新的研究报告。
华大基因微生物项目负责人覃俊杰博士说：“为尽快揭示德国大肠杆菌的致病机理及控制疫情的恶化，我们与合作方共同决定采用这种快速的数据共享方式，及时公开我们获得的相关数据，希望能够为全球生物信息学家及流行病研究学者的广泛合作提供基础支持，加速对该致病性大肠杆菌的研究进程。”
军事医学科学院微生物流行病研究所全军微生物检测研究中心主任、国家“973”首席科学家、国家科技重大专项课题负责人杨瑞馥教授补充说：“该研究成果不仅对德国致病性大肠杆菌的进化起源和致病性等方面的研究打下了坚实的基础，更为重要的是为全球其他传染性疾病的应对机制提供了一个新的国际协作模式。”
华大基因研究院副院长王俊教授表示：“基因组测序为鉴定和了解新型病原奠定了重要的基础，信息数据的免费、快速发布及共享能够极大地加速疾病诊断和治疗的过程，对大规模突发性公共卫生事件的快速应对具有十分重要的意义。”
德国负责传染病监督及预防的罗伯特-考赫学院7月26日宣布，肠出血性大肠杆菌疫情在德国的爆发已经结束。这场疫情最终导致德国范围内50人死亡，仅汉堡医院就有3496名病人被诊断为感染肠出血性大肠杆菌，在德国以外的欧洲地区也发现了76名患者。
另据悉，华大基因（BGI）和BioMed Central（简称 BMC ，生物医学中心）共同主办的《GigaScience》杂志已开始征集投稿并计划于今年11月份正式上线。该杂志是一个面向所有使用或产出海量数据的生物学研究者的开放阅读期刊，主要采用全文文献与大型数据库相结合的崭新模式，为广大科学工作者提供前沿、有效的数据以及生物学发现等资源。具有DOI的德国大肠杆菌基因组数据库使得大肠杆菌成为第一个以这种方式公开数据的物种。此外，研究人员也可以按照同样的方式向数据库中添加已经经过证实的有价值的信息，以不断更新研究发现，并促进全球科学的快速发展。
(
http://bacpathgenomics.wordpress.com/2011/06/13/e-coli-data-released-under-creative-commons-0-license/
更多信息请见：
华大基因“德国大肠杆菌”数据库：
http://dx.doi.org/10.5524/100001
德国大肠杆菌数据分析：https://github.com/ehec-outbreak-crowdsourced/BGI-data-analysis/wiki
作者：
2011-7-31