体细胞基因的变异与癌症的相关性研究

在现今可以大范围基因组测序的时代，深入分析身体的序列变异依旧是一项严峻的挑战。一项新的研究尝试着将个体肿瘤中的体细胞突变进行归类。

借助基因组工具，癌症研究在过去的几年中获得了举世瞩目的发展，尤其是在分析不同癌症的分子基础方面。随着研究的深入，科学家们也开始意识到癌症的发生事实上是诸多因素共同作用的产物：体细胞性因素(somatic)、种系性因素(germline  factor)、环境因素(environmental  factor)和随机性因素(stochastic  factor)。正是因为这些因素的复杂组合，让同一组织的癌症有着许多亚型〔1，2〕。今后，对于癌症的治疗，医生可能要综合考虑基因组、蛋白质组和转录组的因素（参看图1）。而摆在科学家们面前的同样是从众多研究参数中，预测个体疾病的发展〔3〕。参与考虑的标记蛋白越多，对于数据的分析越是复杂。现在，在癌症研究的领域中，对于体细胞变异有一个亟待解答的问题：这些突变是会引发癌症发生发展的司机基因突变（driver  mutation），还是不会引起组织功能变化的乘客基因突变（passenger  alteration）？〔4，5〕如果要额外考虑环境的因素，那么这个问题将会变得更为复杂。

最近，Thomas等研究者〔6〕从事了一项重要的原理循证研究（proof-of-principle  study），这是目前为止最大范围的针对癌症突变的调查研究：发生在17个致癌基因上的238个已知突变，总共有1000多个肿瘤样本。在这些肿瘤样本中，有3个致癌基因作者没有发现任何的突变，而在其余的14个致癌基因中，研究者发现只有30％的肿瘤样本发生了突变。由此看来突变与癌症发生之间的密切相关性似乎并不成立，或者仅仅局限于个别癌症（例如BRAF与黑色素瘤）〔7〕。感兴趣的读者可以参看英文原文。



参考文献：

1．Perou,  C.M.  et  al.  Nature  406,  747–752  (2000).

2．Alizadeh,  A.A.  et  al.  Nature  403,  503–511  (2000).  

3．Risch,  N.J.  Nature  405,  847–856  (2000).  

4．Weir,  B.,  Zhao,  X.  &  Meyerson,  M.  Cancer  Cell  6,  433–438  (2004).

5．Stephens,  P.  et  al.  Nat.  Genet.  37,  590–592  (2005).

6．Thomas,  R.K.  Nat.  Genet.  39,  347–351  (2007).  

7．Davies,  H.  et  al.  Nature  417,  949–954  (2002).