用云计算来攻克癌症

        10月27日-30日，北京，国家会议中心，高性能计算领域的一场大戏即将上演。今年的全国高性能计算学术年会(HPC  China  2010)由中国计算机学会高性能计算专业委员会主办、中国软件行业协会数学软件分会协办、北京市科学技术研究院和北京市计算中心承办。



▲美国高级生物医学计算中心信息系统部研究人员  Jack  R.  Collins博士



        Jack  R.  Collins博士是美国高级生物医学计算中心信息系统部的研究人员，他在29号的演讲中就目前如何应用高性能计算和云计算来攻克癌症研究做了有关介绍，分享了经验。

        Jack博士表示，2009年美国每56秒会有一位病人因为癌症去世，而到了2010年新确诊的癌症病人已经超过160万个。这进一步说明癌症目前已经严重威胁人类生命健康，也成为国际医学界主要的研究和攻克对象。

        从医学研究的角度来看，癌症研究目前主要从药物研究、致癌机理、基因学等不同角度在进行。而不论是基因研究还是药物研究都需要大量的计算模拟做研究支持。对于NCI美国国家癌症研究中心来说，癌症的研究已经成为驱动其高性能计算发展的主要因素。而研究中心的数据规模也随着癌症研究的深入和数学模型的日益精确爆炸式的增长。

        Jack博士认为以上这些因素为高性能计算带来了四大挑战：如何应对数据的海量增长；如何应对计算性能增长带来的系统压力；如何从软件和系统的角度来做长远规划；如何应对来自社会的可靠性和安全性质疑。



▲数据大规模增长会为存储后台，网络带宽以及自动化、安全带来问题

▲计算规模的增加则会对程序并行度、I/O环境、编程复杂度造成巨大的阻碍

▲如何从长远的角度解决平台系统搭建、HPC编程以及人员培训问题是需要思考的

▲对于虚拟化的稳定性，数据安全以及存储环境的需求如何找到共同的答案



        Jack博士表示，也许未来云计算可以解决上述难题，最终将HPC变成计算即服务（CAAS）、信息即服务（IAAS）等来解决医学研究中的计算互通性和数据共享。