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1月19日在《Nature Genetics》杂志发表的一项最新研究，为发现数以千计个潜在的、新的癌症生物标志物，打开了大门。
美国密歇根大学综合癌症中心的研究人员，分析了以前没有好好研究过的一部分基因组——长非编码RNA（lncRNA）的全景图。这一很大部分的人类基因组一直被认为是暗物质，因为人们对它们知之甚少。新出现的证据表明，lncRNA可能在癌症中起作用，更好地了解它们，可为改善癌症诊断、预后或治疗，带来新的、潜在的靶标。相关阅读：PNAS：lncRNA可作为白血病预后标志物。
本文资深作者是密歇根转化病理学中心主任、病理信息研究中心主任、癌症生物信息研究中心主任和密歇根大学医学院病理学教授Arul M. Chinnaiyan，这位高产的科学家，曾在Nature，Science，PNAS等权威学术期刊发表癌症研究论文多篇。他说：“我们了解蛋白质编码基因，但它们仅占基因组的1%到2%。而我们对于非编码基因组在癌症之类的人类疾病中如何发挥作用，却了解很少。
在这项研究中，研究人员汇集了25个独立数据集、共7256个RNA测序样本，这些数据来自于公共资源，例如癌症基因组阿特拉斯项目，以及来自密歇根转化病理中心的档案。他们使用高通量的RNA测序技术，在正常组织和各种常见类型癌症组织中确定了超过58,000个lncRNA基因。
Chinnaiyan说：“我们使用所有这些数据，去解释不同组织和癌症中的基因组景观图。这打开了各种各样lncRNA的潘多拉盒子，以发掘癌症生物标志物的潜力。”
这一完整的数据集，命名为MiTranome compendium，在一个公共网站www.mitranome.org上可供科学界使用。
研究人员还发现了一个lncRNA——SChLAP1，将其确定为侵袭性前列腺癌的一个潜在生物标志物。与早期疾病相比，SChLAP1在转移性前列腺癌中的表达更高。SChLAP1主要存在于前列腺癌细胞中，而不在其他肿瘤细胞或正常细胞中，这为研究人员提供了希望，或许可以开发一种非入侵性的测试方法，来检测SChLAP1。这种测试方法可以用来帮助病人及其医生对早期前列腺癌做出治疗决定。
Chinnaiyan说：“一些长非编码RNA对癌症来说往往是特定的，而蛋白质编码基因通常则不是。因此，lncRNA是开发生物标志一个非常有前途的靶标。我们希望研究人员将继续研究MiTransciptome compendium，并开始提出lncRNA用于进一步的研究和开发。很可能只有一部分lncRNA有真正的功能，但是作为一个以前未开发的领域来说，它拥有巨大的潜力。”
