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悖论一般指的是是逻辑上的矛盾，而转基因悖论则是社会对转基因的认识误区呈现出来的自相矛盾。这种矛盾并非无解，而是政府、科学家、企业、农民、消费者以及各阶层关心转基因的人士经过复杂作用形成的格局，此格局背后其实只有一个逻辑点，即转基因是否安全。必须承认，这个问题是科学问题，因此必须基于科学认识来讨论此问题。
1、准吃不准种
中国进口美国、巴西、阿根廷的大量转基因大豆和玉米，也就是说，政府部门相信这些产品的安全性，但却不允许种植国产的转基因大豆、玉米。这就剥夺了一部分消费者愿意购买廉价的转基因大豆产品的权利，也剥夺了农民自主选择品种和技术的权利。
2，政府违规，却指责农民非法
农业部违规在先。五年来农业部迫于反转舆论压力不敢审批已获安全证书的转基因品种，不批不拒不解释，直拖到安全证书到期（今年8月17日到期）让其申请失效。另一方面，根据《种子法》，虽然销售未经品种审定的种子不合法，但农民购买种植并不违法。湖北政府迫于央视压力去铲除农民种植的转基因水稻，损害农民权益，并无法律依据。
3，推崇市场，却不遵守市场规律
拿到安全证书的转基因水稻需要农业部做品种审定，这是中国独有的一个环节，属于计划经济的遗留物，同时也是中国式食品管理系统的一个特殊产物。通过安全评价的作物、深受农民欢迎的产品却不给品种审定，不仅仅是行政不作为，同时也是对中国转基因科普事业的一种伤害，它给不明真相的百姓一种“转基因食品还不够安全”的暗示。
4，政府不作为即为反转
农业部对转基因的态度是，“研发要积极，推广应用要慎重”，于是“慎重推广”就成为政府不作为的借口，而管理部门的不作为也成了妖魔化转基因的一种强大力量。科普作家中有许多人都曾说过恨铁不成钢的一句气话：“中国农业部才是最大的反转控！”从客观效果看，将已经通过安评的作物品种锁定在实验室中，这种不作为确实起到了反转作用——它有一种强烈的暗示：转基因还不够安全。这种暗示将本来就已经糊涂了的民众一步步推向谣言。
5，政府能接受国外转基因产品，却对国产转基因毫无作为。
很多政府官员本身也缺乏科学素养，自己也怕转基因食品，或者虽然知道转基因食品没有问题，但害怕舆论，觉得多一事不如少一事。在中国当前情况下推广转基因技术，需要决策者有不顾忌舆论压力的魄力。
6，转基因标识：你总不能剥夺我们的知情权和选择权吧？
以知情权名义要求强制转基因标识的背后仍然是“愚昧权”作祟。如果相信科学（主流科学界对合法上市的转基因食品安全性并无异议），那么强制标识也就失去根基。强调“愚昧权”将为社会带来沉重的负担：无论是零阈值标识，还是某种定量阈值标识，都会增加包括生产和流通、销售链条上的检测与标识、以及发生纠纷后的诉讼成本。真正的知情权是了解认识转基因的科学基础与事实，而非仅仅知道一个阈值标签。科学家和科普作家一直在赋予公众这个知情权，而反转控们则一直在用各种谎言和谣言、用欺骗的手段来剥夺公众的知情权。他们对转基因产业化的阻挠，则不仅仅让你，也让我失去了选择权。
7，力挺转基因的人都是“无利不起早”
全人类是转基因技术的利益集团，正是全人类的农业生产、加工、消费、生态环境等各领域的收益“操控”了转基因的迅速发展。另一方面，商业利益是人类进步到今天的重要力量之一。在管理得当情况下，商业利益将驱使生产商改进技术并更提高产品品质与质量，这也是转基因食品安全性的又一重保证。反倒是，反转群体常常出于利益考虑才造谣生事、“无利不起早”。
8，“纯天然”存不存在？
从宏观层面，既然人类的出现是自然产生的，那么人类的行为以及对大自然的改造也就是自然的（或天然的）；从育种层面，目前现有的所有作物以及畜牧物种均为人类改造的结果。再具体一点，杂交育种也是人工干涉基因的产物，转基因育种则更加精确而已。
9，你不能保证转基因产品绝对安全。
世界上没有绝对安全的产品。人们也同样不能证明手机是“绝对”安全的，大部分民众是在“稀里糊涂”地使用着手机，他们并不了解手机的工作原理。而对于转基因产品，科学家已经用“实质等同”证实了经过批准的转基因作物与传统育种作物在主要成分上并无差异。
10，虫子不吃人能吃吗？
“一把钥匙开一把锁”，在毒理学上有个拟人化的说法 “一个人的毒药可能对另一个人就是美食”，这说明不同的事物各有自己最适合的对象。BT蛋白对虫是毒药，但对人就不起作用，因为BT蛋白毒杀害虫的机制在人类身上不存在！
11，吃转基因“三代不育”
既然第一代不育，何来以下两代不育呢？转基因食品的基因在本质上与普通食物的基因没有任何区别，都是由基因的最小单元——碱基构成的。如果人类吃基因就能改变自身的基因，那么数万年来，人类会变成什么样子？
12，既然转基因食品更安全，为何监管如此严格？
既然飞机是最安全的交通工具，为何还要严格安检？须知严格监管是现代科技生产必需的环节。
13，既然转基因的安全性没有问题，为什么还有这么多争论？
三聚氰胺有害无争论，农药残留有害无争论，地沟油有害无争论——在科学界和公众如此高度关注之下，转基因如果真有害，怎么可能还有争论？
14，有杂交，何必转基因？
有了汽车，何必还要发展高铁与飞机？人类的需求是不断发展的，科技随着需求的发展而日新月异。
15，现在安全不等于未来安全（需要经过两三代人百年试吃）
转基因食品的安全性是科学实验而非生活实践所保证的。人类吃烤肉两万代、五十万年，也未能发现其中问题；科学实验无须两代、五十年，而是在极短时间内就找出烤肉中的苯并芘，明确告诉你它致癌。
16，当年滴滴涕被认为是安全的，现在却发现其危害而禁止使用了。
人类认识事物确实都将经历一个过程，就如同用更安全的新药替代四环素等旧药、用更安全的杀虫剂替代滴滴涕一样，现在人类发现了传统食品的生产方式存在诸多问题，才需要用更安全、更环保、品质更好的转基因食品替代传统食品。反转控则认为：新药和新农药没用过，还是继续用四环素和滴滴涕吧。
