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综合来自财政部的消息表明，内外资企业所得税两税合并2005年有望定调。与此同时，增值税转型在东北的试点工作告一段落后，也有望在2005年向全国推广。
专家分析指出，这对长期存在于内外资医药企业之间的“竞争不公”现象将产生积极影响。与此同时，亦有人担心，认为可能会对外资进入刚开放不久的我国医药流通领域造成不利影响。而增值税转型带来的益处对那些刚刚通过GMP、GSP两大认证却正为固定资产投资发愁的国内医药企业仍不言迟。
任职于中国药科大学国际医药商学院的经济法专家丁锦希介绍说，内外资所得税税率合并一说由来已久，早在七八年前就已经有人提出来了。这不免让人有些疑惑，既然不过是老调重谈，那么为何此次会引起如此强烈的反响与关注呢？先是财政部风声才露，立刻就有“54家外企就税改联合上书国务院”；接着近日又有媒体披露：“在多方力量博弈后，内外企两税合并方案不会提交到今年３月召开的人大会议上审议，这意味着两税合并再度宣告搁浅”。
有专家分析说，之所以大家反应这么强烈，原因在于财政部坚持认为目前是两税合并的最佳时机，并希望2005年能够有阶段性的成果。
根据商务部统计，2004年我国利用外资606.36亿美元，同比增长13.32％。根据财政部统计，2004年我国财政增收5500亿元人民币，是2003年增收额的2倍。因此，财政部副部长楼继伟表示，外资和国家财政都能够承受新一轮税改带来的压力。
目前，在华投资的外资企业享受着在其他国家“难以享受得到”的政策优惠。外资企业所得税名义税率为15％，实际税率为11％，开发区外资企业同时享有“三减两免”的优惠政策；国内企业名义税率为33％，实际税率为23％，比较之下高出了12个点。在税基方面，国内企业员工工资仅有800～960元可计入人工成本，而外资企业所有工资却都可以计入成本。有专家认为，不平等税率造成了高额利润的外流和内外资企业竞争的不平等。
对此，财政部拟向人大提交的草案中提出，将内外企所得税税率统一到24％～28％，改外资企业税收优惠为特惠制，即只对特定产业和特定区域实行税收优惠，税率大概是15％（高新科技企业所得税率）。此外还有消息传出，将对非新进入的外资实行5年优惠过渡期，即在统一征收5年后，将这5年征收的税收返还给外资企业。
对于此次所得税合并有可能对医药行业产生的影响，丁锦希认为，所得税税率的统一是大势所趋，这符合WTO国民待遇的原则，世界上主要国家都是如此。所得税内外有别的情况调整后，“假外资”的数量将大大降低。
商务部国际贸易与经济合作研究院副院长陈文敬也表示，一方面这符合WTO的相关规则，另一方面跨国药企进入我国已有数年，影响其投资更重要的因素是投资环境，而不是单纯的税率调整。再者，两税合并也为今后外资医药企业与内资医药企业的竞争提供了更为公平的平台。
据统计，目前进入我国的跨国药企已超过30家。那么，所得税合并带来的影响到底会有多大？
某著名外资制药公司大区经理卢先生表示，他们企业很重视这件事，曾组织过专门的研讨，请来权威税务专家做相关的分析。他表示，税率合并将导致利润压缩，所以公司近期不会增加在华投资，因为还需要作进一步的评估。
长春长庆药业集团总经理杨永国表示，目前他们企业享受的是“三减两免”的税收优惠，实际税负在20％左右，即使两税真的合并，由于还有一定的过渡期，所以目前对此并不感到特别担心。同时他还表示，他们与港资合作已有好几年的时间，港方不可能说一提高税率就会撤退或者减少投资，事情不会这么简单。
巨田证券有限责任公司证券研究所研究员王雪松也认为，并轨对已在国内投资的跨国医药公司影响比较小，一些开发区的优惠政策恐怕还会继续保持；另外由于外资企业在国内一直有较强的话语权，所以最终的调整方式还难以预测。
在“联合上书”的54家跨国企业名单中，拥有医药业务的企业有巴斯夫和拜耳。研制开发制药企业协会总监舒德表示知道54家外资企业“上书”一事，但该协会不会就这个问题作出行动，因为“这超出了协会的职责范围”。
如果说提高外资企业所得税税率是“增”的话，那么正在试推行的生产型增值税向消费型增值税转变则是“减”。用楼继伟的话说，“一增一减，保持税改平稳过渡。”
税务总局副局长许善达曾表示，税制改革要以减轻企业的负担、促进企业的发展为目标，建立消费型的增值税制度同样有利于让内资企业与外资企业站在平等的位置。他认为，目前因采用生产型增值税，企业购进生产设备的支出不能抵扣，造成企业税收负担过重，这在国际上是少见的。加入世贸组织后，如果这种情况继续下去将使国内企业无法与海外企业平等竞争。
据统计，截至目前，我国药企GMP投入已超过1000亿元。杨永国说，如果提早一两年实施转型，对医药生产企业的影响更大。
北京百奥药业总经理侯全民认为，按常理，运用高新技术采用普通原材料生产出高附加值产品企业，应该较一般企业获得更大收益。然而根据我国增值税的有关规定，恰恰对于高附加值产品征收的税率要高于其他产品。一般医药企业增值税抵扣后税率为5％左右，而高新技术企业普遍要达到10％～15％。这种差距无形当中产生了制约新技术企业在成长的同时进一步创新的可能。
黑龙江江世药业总经理江伟世表示，虽然他们的企业目前享受了高科技园区所得税政策优惠，但东北税改试点推行增值税抵扣后，整体税负仍然较高，估计全额抵扣政策实施后，情况会有所改善。由此他认为，进一步调整税收政策对企业的研发和技术升级、扩大规模都会有好处。