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FID虽然是通用型检测器，但有些物质在此检测器上的响应值很小或无响应，这些物质包括永久气体，卤代硅烷，水，氨气，一氧化碳，二氧化碳等等。所以，检测这些物质的时候不宜使用FID。
FID是用氢气和空气中燃烧所产生的火焰使被测物质离子化的，所以要注意安全问题。在未接上色谱柱时，不要打开氢气阀门，以免氢气进入柱箱。测定流量时，一定不能让氢气和空气混合，即测氢气时要关闭空气阀门，反之亦然。 FID的灵敏度与氢气，空气和氮气的比例有直接关系，因此要注意优化。一般三者的比例应接近或等于1：10：1。另外有些仪器的设计有不同的喷嘴分别用于填充柱和毛细管柱，使用时要注意查看说明说。
为防止检测器被污染，检测器温度设置不应低于色谱柱实际工作的最高温度，一般应高于柱温10—20度，一旦检测器被污染，轻则灵敏度明显下降或噪声增大，重则点不着火。消除污染的办法是清洗，主要是清洗喷嘴表面和气路管道。具体方法是拆下喷嘴，依次用不同极性的溶剂如丙酮氯仿和乙醇浸泡，并在超声波水浴中超声10min以上，还可以用细不锈钢丝穿过喷嘴中间的孔，或用酒精灯烧掉喷嘴内的油状物，以达到彻底清洗的目的。清洗之后将喷嘴烘干，再装在检测器上进行测定。