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微生物及其重组技术在农业生产和环境保护中的应用十分广泛，发展势头强劲。据不完全统计，各国获准进入田间释放的重组微生物占已登记在案的遗传工程体环境释放总数的1．15％，其中受体微生物为细菌的占1．04％、病毒0．32％、真菌0．19％。美国 E PA．USDA批准环境释放的微生物遗传工程体涉及十几种微生物约50例左右，其中包括由Ecogen、Novartis、Mycogen和Re- search Seed， Inc．等高科技公司生产的转 B t遗传工程菌以及提高苜蓿共生固氮和产量的转基因根瘤菌等商品化活体产品。20世纪90年代以来，以苏云金芽胞杆菌为龙头的微生物工程杀虫剂迅速发展，美国用以防治蔬菜害虫和玉米害虫的面积分别占总面积的80％和50％，销售额从80年代末的4000万美元上升到90年代的5亿多美元。我国农药销售额现为60亿元，微生物杀虫剂仅占其中1％，苏云金芽胞杆菌等微生物杀虫剂的产量逐年上升，从80年代末的1000吨发展到目前近3万吨。至少有70多个国家在研究、生产和使用微生物肥料。主要以根瘤菌剂和 P GPR制剂为主。目前有11个国外微生物肥料产品在国内示范和推广。
我国"863"计划自"七五"以来，将农业重组微生物列入生物领域一个重要的研究专题。目前有十余株转基因微生物处于安全性评价和田间示范阶段。在美国，基因组中整合了外源 d ctABD基因的重组苜蓿根瘤菌能提高大田苜蓿产量，是目前世界上首例通过了遗传工程菌安全性评价并进入有限商品化生产的工程根瘤菌。在东南亚如菲律宾等国，生物肥料广泛应用于水稻等粮食作物。国际水稻所计划在10年的时间内构建一种超级固氮细菌，能减少水稻50％的氮肥用量。饲料用酶市场迅速扩大的趋势和广阔前景，吸引了许多研究机构和公司涉足饲料用酶的研究，如世界上最主要的从事工业酶研究和生产的德国 B ASF公司、美国 G enecor公司、瑞士的Roche公司，以及一些国际巨型农业化学公司如瑞士 N ovartis公司、美国 D u Pont公司等。目前饲料用酶已成为世界工业酶产业中增长速度最快、势头最强劲的一部分，2000年饲料用酶的市场值达到了2．5亿美元，近5年的年增长率达到11％，远远高于别的酶种，预计到2010年，饲料用酶的市场值将达到8亿美元。
目前，中国是世界上农业重组微生物环境释放面积最大、种类最多和研究范围最广的国家，所取得的成就已受到各国科学家的广泛关注和高度重视。在我国境内申报并通过农业生物基因工程安全委员会批准的农业重组微生物在40例以上，其中，由中国农科院原子能所研制的转 n trC－nifA基因斯氏假单胞菌 AC1541、中国农科院饲料所研制的高效表达植酸酶的重组毕赤酵母、中科院武汉病毒所研制的重组棉铃虫核型多角体病毒杀虫剂和华中农业大学研制的延缓害虫对苏云金芽胞杆菌产生抗性的高产广谱工程菌 B MB820Bt，均已通过农业部农业生物基因工程安全委员会审批进入安全性评价的商品化生产阶段。 近年来，我国一批拥有自主知识产权的重组微生物农药、肥料和饲料用酶产品已初具产业规模，以产业化基地建设的方式对传统发酵产业进行技术的改造和产品的更新换代，并将逐步带动一个以保持我国农业和环境可持续发展为共同目标的新型农药、肥料和饲料微生物产业群的形成。