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含有害离子肥料：氯化钾、氯化铵等化肥含有氯离子，施于土壤后，会产生水溶性的氯化物，对种子发芽和幼苗生长不利。硝酸铵和硝酸钾含有硝酸根离子，对种子发芽影响很大，不宜作种肥。
含有毒害作用的肥料：尿素在生产过程中，常生成少量的缩二脲，该物质含水量超过2％，对种子和幼苗就会产生毒害。另外，含氮量高的尿素分子也会渗透到种子的蛋白质分子结构中，使蛋白质变性，影响种子发芽。
含有腐蚀作用的肥料：碳酸氢铵具有腐蚀性和挥发性 ，对种子有强烈的腐蚀作用。用这类肥料作中药栽培种肥对种子发芽和幼苗生长要会产生严重危害。如一定需施用，可将上类肥料施在沟下或底层，上面覆盖土层才能撒播药种；也可将过磷酸钙与土杂肥混合施用。
只要药农认真科学使用化肥，在拌种和幼苗移栽时避免以上三类有刺激的肥料，可以减少有害化肥对种子和幼苗的毒害，减少烧种芽、烧苗现象的发生，进而提高中药材的质量和产量，来年实现丰收。