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(一)手术治疗 输卵管妊娠的治疗原则以手术治疗为主。一般在确诊后即应进行手术。手术方式一般采用全输卵管切除术。有绝育要求者可同时结扎对侧输卵管。对有生育要求的年轻妇女，如对侧输卵管已切除或有明显病变，可行保守性手术，以保留输卵管及其功能。根据患者全身情况、孕卵着床部位及输卵管病变程度选择术式，如伞端妊娠时行孕卵压出术，壶腹部妊娠行切开
术取出孕卵，峡部妊娠可行病灶切除及断端吻合术，采用显微外科技术可提高妊娠率。输卵管间质部妊娠的处理，可根据病变情况行患侧子宫角切除或全子宫切除术。近年来国内外开展腹腔镜诊断和治疗输卵管妊娠。
自体输血是抢救急性宫外孕的有效措施之一，尤其在缺乏血源的情况下更为重要。回收腹腔内血液必须符合以下条件：妊娠<12周，胎膜未破，出血时间<24小时，血液未受污染，镜下红细胞破裂率<30%。
(二)药物治疗 中医治疗仍是我国目前治疗输卵管妊娠手段之一。优点是免除了手术创伤，保留患侧输卵管，还可治疗并存的炎症及粘连，从而恢复输卵管功能，中医根据八纲辨证论治，本病属于瘀阻下腹，不通则痛的实征，故以活血祛瘀、消止血为治则。主方为丹参、赤芍、桃仁，再随症加减。急性出血型加用独参汤或参附汤；血肿包块型则加用三棱、莪术。中西医结合治疗时应严格掌握手术指征，凡间质部妊娠、严重腹腔内出血、保守治疗效果不佳或胚胎继续生长者均应及早手术。
目前有用氨甲喋呤、5－氟脲嘧啶治疗早期宫外孕。