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对输卵管妊娠的治疗，历来主要方法是手术，近十余年来由于高敏感度放免测定β-hCG及高分辨B超和腹腔镜的开展，异位妊娠早期诊断显著提高，因此保守手术及药物治疗更多的应于临床。
一、手术疗法
（一）输卵管切除术：无论是流产型或破裂型输卵管妊娠，输卵管切除可及时止血，挽救生命，在已有子女不再准备生育的妇女，可同时行对侧输卵管结扎。在需要保留生育能力的妇女，如果输卵管病灶太大，破口太长，损及输卵管系膜及血管和/或生命指征处于严重状态时亦应作输卵管切除。在行保守性手术中输卵管出血，无法控制应当立即切除输卵管。
手术可在针麻或局麻下进行，剖腹后应首先止血，用钳子钳住出血点，使出血停止。休克时快速输血，待休克好转后，再按步骤进行病侧输卵管切除。如同侧卵巢正常者应保留。如对侧输卵管正常，患者要求绝育者应施行结扎。对侧卵管有病损，则根据病人情况、要求及病变情况处理，原则上应尽量缩短手术时间，不应在急性失血期或有炎症情况下，考虑输卵造口术。腹腔游离血液无明显感染者，可作自家输血，尤其在血源缺少的情况下，自家输血为抢救失血性休克极为有效的措施。这时血液不凝，无粘稠状，无臭味，显微镜下红细胞破坏不超过30%。每100ml血液中加3.8%枸橼酸钠10ml，自家输血500ml以上应给10%葡萄糖酸钙10～20ml，以免枸橼酸中毒。自体输血无需配血能及时补充血容量，对内出血多严重休克病人是非常必要的，可节约库血，减少经济负担，且自家血红细胞新鲜，携氧能力强，还可避免血清性肝炎等传染病。近年来有的人提出自家输血可不加抗凝剂并在临床上应用，但回收输血的凝固程度因人而异，为了充分发挥自家输血的优点，还是加枸橼酸钠或ACD液抗凝为宜。
（二）保守性手术：所谓保守性手术，原则上是去除宫外妊娠物，尽可能保留输卵管的解剖与功能，为日后宫内妊娠创造条件。
指征：年青妇女本次输卵管妊娠为首次妊娠；无子女已经切除一侧输卵管。
手术方式：输卵管切开清除胚胎术，在患侧膨大部位，在系膜表面与输卵管纵轴平行切开1～2cm，轻轻将妊娠物挤出，然后用细丝线或0/8无创伤缝线在显微镜下将切口缝合。亦可采用开窗术，即不缝闭切口，而将切缘间断缝合止血，使成一“窗口”。如为峡部妊娠则切除病灶端端吻合，峡部近子宫角处可行输卵管子宫角植入术。
术后防止粘连是保留生育能力重要措施之一，可在腹腔中放置中分子右旋糖酐250～300ml或0.25%普鲁卡因100ml，氢化考的松250mg，甘油10ml。术后治疗，对恢复生育能力亦甚为重要，如适时输卵管通水，活血化瘀中药治疗等。
（三）腹腔镜手术：在腹腔镜下首先用冲洗器冲洗及吸出盆腔内积血，找到孕卵着床部位。如为壶腹部位妊娠，则可直接从壶腹部（经伞部）吸出或用大匙钳夹出妊娠物。如为峡部或间质部妊娠，则需做输卵管切开术。在系膜处注射5%POR-8 20～30ml使局部缺血，可防止切开卵管时出血，在卵管背侧卵管凸起处电凝后剪开卵管壁，直至妊娠物暴露出来。用两把无创伤性器械分离开卵管壁后，用大匙钳将妊娠物慢慢清除，最后用冲洗器冲洗着床部位，用腹腔内打结法缝合卵管浆膜以关闭创面。
二、中西医结合治疗
根据八纳辨证，输卵管妊娠属于血郁小腹，痛则不通的实症，因此应以活血祛瘀止痛为治疗的原则，结合病人寒、热、虚、实辨证加减并结合临床分型（休克型、稳定型、包块型）用药。
（一）休克型：内出血多。休克阶段，要注意虚、实两方面，同时兼顾患者体质的寒热。因输卵管妊娠本身为实症，而内出血，血压下降、面色苍白、出冷汗、脉虚弱又为虚症，要根据病人当时情况，进行分析，如虚症较重，用人参补气，以防血虚，同时佐以活血祛瘀，以促使内出血吸收。
方药：丹参30g、赤芍10g、桃仁10g、乳香10g、没药10g。水煎300ml，分两次服。虚重者加人参，疼痛严重者加元胡，并同时抢救休克，输血，输液，给氧，保温，使收缩压保持在12kpa柱左右。
在治疗过程中要严密观察病人脉搏、血压、腹痛及血红蛋白等，以明确是否继续内出血；患者必须绝对卧床休息，勿过早活动，尽量减少突然体位变化和增加腹压之因素。应在有输血及随时能剖腹的条件下进行。此型宜立即手术治疗，个别患者已多次腹部手术拒绝再次手术，可考虑。
（二）稳定型：病情稳定，血压平稳，腹痛减轻，腹腔内游离血已初步形成包块或部分吸收，腹部压痛反跳痛减轻，移动性浊音逐渐消失。阴道检查可能触及包块。根据主方可适当给予清热解毒药如加黄芩、双花、连翘等以预防感染。此期仍以卧床休息为主，逐渐适当活动。
（三）包块型：本型为小腹血瘀实证，有包块。除用主方活血祛瘀外，应加用化坚破积之药物，以消除包块。用善破症瘕之三稜、莪术。但应注意三稜、莪术等攻坚药，如使用时间过长，有引起虚证这可能。故应根据症状、脉象给予党参、黄芪等补气药物。为加速包块吸收可给予外敷软坚膏：大枫子15g，木鳖子15g，铜绿15g，加大枣10个去核，混合均匀，共研细末，用纱布包好，置于下腹，外加热敷。或以麝香0.6g，樟脑6g，血竭9g，松香9g，银珠9g。后4味药共研细末，摊置布块上用火烤化，最后加入麝香，外贴于下腹包块处。
孕卵未中绝，妊娠试验呈阳性者，可加用蜈蚣二条、牛膝15g、天花粉9～15g、牙皂9g以消灭胚胎，使妊娠试验呈阴性。但效果不太满意。也可在β-hCG及B超监测下治疗，也可同时加用MTX加速孕卵中绝。
三、药物治疗
氨甲喋呤（methotrexate，MTX）主要是用于输卵管妊娠未破裂型，输卵管浆膜完整，无活动性出血，输卵管妊娠产物处直径＜3～4cm，腹腔中血液＜100ml，β-hCG＜3000mIU/ml，生命体征稳定、年轻、要求生育者。
用药方法：①MTX口服0.4mg（kg·d），5天为1疗程。一般用量为25mg/d，用5天，毒性反应无，临床很少应用；②MTX肌注0.4mg/（kg·d），5天为1疗程。有作者报告23例异位妊娠，治疗后95.7%孕体吸收，经造影或腹腔镜证实10/19（52.6%）患者输卵管通畅；③MTX-CF方案，甲酰四氢叶酸（citrovorum factor，CF），CF可逆转MTX毒性作用，为目前最常用方法。当MTX用量为1mg/kg时，血浆浓度达10-8M，必须用CF解救，方能达到疗效高而毒性小。MTX静脉滴注时间＜4小时，CF为MTX的1/10，两者间隔时间为24小时；④MTX局部注射，在超声波引导下用MTX注入孕囊；或腹腔镜直接注视下输卵管内注射。药物疗法过程中必须严密观察腹痛，生命体征，及药物毒性反应。并用β-hCG及B超监测输卵管局部情况。