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尽管95%以上的性传播疾病是通过各种性行为传播的，但已经肯定，厕所坐垫也会造成此类疾病的传播，其中比较容易发生的是阴道毛滴虫和白色念珠菌所引起的阴道炎。
由于公用厕所由多人频繁使用，性传播疾病患者的臀部、会阴部和衣裤中的致病原就会通过污染厕所坐垫而传给他人。
如梅毒螺旋体、白色念珠菌、阴虱、疥虫等可从患者身上留落在厕所坐垫上，若短时间内另一人登厕就有可能传染上。据测定，淋病双球菌在厕所坐垫上可以存活18个小时，阴道毛滴虫可在半干燥环境中存活6个小时。可见此传播途径不可忽视。
为避免因此而造成的性传播疾病间接传播，在公共厕所用厕时，最好取蹲式，不要取坐式，或推广应用一次性使用的坐垫。