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1、西医治疗：生殖器毛滴虫病，特别是毛滴虫性阴道炎，常伴有泌尿系统和肠道内的毛滴虫感染，而且毛滴虫不仅寄生于阴道及阴道粘膜的皱褶内，还可以深藏于子宫颈腺体中以及泌尿道下段，单纯局部用药不能彻底消灭病菌，应结合全身用药才能彻底治愈。灭滴灵是高效口服杀滴虫药，毒性小，疗效高，男女双方，结婚与否都可服用。口服每次 200mg，每日3次，共7天。治
疗检查毛滴虫阴性后，在下一次月经后再服用一疗程，以巩固疗效。近年来，有人主张大剂量顿服法，认为较7日服法方便、有效和价廉，即1次服用2g。
2、中医治疗：湿热生虫是本病的主要病机，故中医治疗主要针对湿热生虫证治疗，但是湿热伤人日久，可以损伤人体肝肾之阴，所以在后期的治疗中，要特别注意滋补肝肾，兼以清热除湿。中医把本病分为两型辨证施治，即湿热生虫证和肝肾不足证。
(1)湿热生虫：主要的临床表现为外阴或阴中瘙痒或奇痒难忍，白带量多，呈灰黄色或脓样，有腥臭味，可伴有尿频、尿急、尿道灼痛。在医院作妇科检查发现阴道或子宫颈粘膜有充血或散在出血点。这是由于湿热生虫，化腐化毒，与人体气血相搏出现的。治疗宜清热除湿，杀虫止痒。常用药物为龙胆泻肝汤加减：
方药：龙胆草10g 黄芩10g 山栀子10g 泽泻10g 木通10g 车前子10g 当归10g 柴胡10g 生地10g 白鲜皮30g 贯众15g 川楝子10g 鹤虱10g
用法：每日1剂，水煎服，连服20天为1疗程。
方解：方中以龙胆草、黄芩、山栀子、柴胡清泻肝胆；泽泻、车前子、木通清热除湿；白鲜皮、贯众、川楝子、鹤虱杀虫止痒；配合当归、生地则清热除湿而不伤正气。
(2)肝肾不足：肝肾不足证的生殖器滴虫病主要症状为外阴及阴道内瘙痒不堪，白带量少色白，外阴皮肤肥厚，色紫褐或灰白，常伴有心烦寐少，头昏眼花，月经紊乱，舌质红、舌苔少。这是由于湿热之邪日久伤及肝肾，致使肝肾不足，湿热内蕴，正虚邪恋，病情呈虚实夹杂之候。治疗宜滋补肝肾，清热除湿。常用方药为六味地黄汤加减。
方药：生熟地各10g 泽泻10g 丹皮10g 山药15g 山萸肉10g 知母10g 黄柏10g 白鲜皮25g 地肤子25g 鹤虱10g 乌梅10g
用法：本方水煎服，连服30天为1疗程。
方解：方中不但有滋补肝肾的生熟地、山药、山萸肉，而且有清热除湿、杀虫止痒的白鲜皮、地肤子、鹤虱、乌梅、黄柏、知母等。全方既照顾到肝肾之阴，又考虑到湿热内蕴的事实。
3、偏方验方：(1)溻痒方：鹤虱30g，苦参15g，威灵仙15g，当归尾15g，蛇床子15g，狼毒15g，水煎熏洗或坐浴。每日1次。(2)苦参汤： 苦参60g，蛇床子30g，金银花30g，菊花60g，黄柏15g，地肤子15g，石菖蒲10g 。水煎去渣，临用前加猪胆汁4～5滴，熏洗，每日1次。(3)银杏散：轻粉、雄黄、杏仁、苦参、水银(铅制)各3g，共研细末，调匀，每次1g以枣肉和为丸，以纱布包裹，外用长线扎紧，将药塞入阴道内，线头留在外边，每日换药1次。(4)冲洗方：蛇床子30g，地肤子15g，苦参30g，川椒9g，白矾30g，水煎后冲洗阴道，每日1 次。(5)蛇床子洗剂：蛇床子30g，贯众30g，秦皮30g，乌梅10g，明矾30g，水煎熏洗，每日1次。