鲤科鱼类散在重复序列研究取得新进展

4月29日，BMC  Evolutionary  Biology发表了研究论文  “Multiple  source  genes  of  HAmo  SINE  actively  expanded  and  ongoing  retroposition  in  cyprinid  genomes  relying  on  its  partner  LINE”  （BMC  Evolutionary  Biology  2010,  10:115），报道了鲤科鱼类散在重复序列研究取得的新进展。该文章是由中国科学院水生生物研究所鱼类系统学与生物地理学学科组博士研究生童超波等人在何舜平研究员的指导下完成的。



童超波等之前在BMC  Genomics  (Tong  et  al.，2009)  发表的论文中，报道了一种将磁珠分选系统应用于散在重复序列的分离的方法，在鲢和鳙中分离了一个年轻的SINE家族（HAmoSINE）及其反转座所依附的LINE家族（HAmoLINE2），发现该SINE家族借助于其基因组内HAmo  LINE2编码的反转座酶系统实现自身近期的不断增殖。



本篇论文承接之前的研究，进一步研究HAmoSINE和HAmoLINE在整个鲤科鱼类12个亚科的17个代表物种基因组中的进化模式。基于磁珠分选技术大规模捕获鲤科鱼类17个代表物种基因组中的散在重复序列，根据特征性的诊断性核苷酸的存在，发现四个HAmoSINE源基因（亚家族）活跃增殖于整个鲤科鱼类或特定谱系中，HAmoSINE在这些鱼类中的拷贝数从104到106不等。探讨了这些亚家族在斑马鱼基因组中的情况及其物种分布情况。该论文的结果表明，HAmoSINE在整个鲤科鱼类中通过反转座寄生于HAmoLINE得到了大规模的扩张。