利用RiceNet进行生物压力反应的遗传剖析

水稻是全球过半数人口的主粮，也是单子叶植物研究的模式植物。因此，了解水稻中控制重要的生物学、农艺学以及经济学重要意义的单个或复合性状的关键基因就显得极为重要。



韩国首尔延世大学的Insuk  Lee与同事一起进行了一个实验，为单子叶植物设立了一个基因组范围的基因网络，并称之为RiceNet。他们评估了来自五种不同生物体的不同数据，容纳和将最有用的基因组纳入一个统计框架。这个统计框架能预言每对基因间的功能关系，并给出提示。通过协同表达运算（GBA），基因可以跟性状联系，然后基于基因网络邻近基因的功能推测该基因的特性。



然后他们利用RiceNet了解生物压力反应的遗传特性。利用网络协同表达运算（GBA）、重点关注的蛋白-蛋白互动检验，研究组鉴定并证实了两个正调控因子（LOC_Os01g70580和LOC_Os02g21510）和一个负调控因子（LOC_Os06g12530）。



研究组还确认RiceNet能精确预测另一种单子叶植物玉米的基因功能。因此，RiceNet能应用于鉴定调控重要性状的基因，在基因工程途径帮助提高作物的生产力。



研究论文在Proceedings  of  the  National  Academy  of  Sciences  of  the  United  States  of  America杂志发表：http://www.pnas.org/content/108/45/18548.abstract