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Nature公布云杉超大基因组草图

来源:生物通
摘要:日前,瑞典科学家完成了对挪威云杉(Piceaabies)的基因组测序,并将测序结果发表在本期的Nature杂志上。挪威云杉常被人们用来作为圣诞树,其基因组非常复杂,比人类基因组大七倍,是已测序的最大基因组。PlantScienceCentre)和SciLifeLab(ScienceforLifeLaboratory)领导研究团队完成了挪威云杉的基因组草图,这一成果......

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在超过两亿年的历史中,松柏类植物在森林中占据了统治地位,具有巨大的经济价值和生态重要性。日前,瑞典科学家完成了对挪威云杉(Picea abies)的基因组测序,并将测序结果发表在本期的Nature杂志上。

 

挪威云杉常被人们用来作为圣诞树,其基因组非常复杂,比人类基因组大七倍,是已测序的最大基因组。瑞典的UPSC(Umeå Plant Science Centre)和SciLifeLab(Science for Life Laboratory)领导研究团队完成了挪威云杉的基因组草图,这一成果不仅具有重要的科研价值,也能为许多国家的林业发展提供帮助。

 

“林木育种现在进入了新时代,而瑞典将有望走在发展的前沿,”UPSC的Ove Nilsson教授说。“瑞典每年要进行大量的树苗种植。现在我们可以在基因组序列的基础上,开发更有效的方法,确保树苗适应于不同区域的各种土壤条件。”

 

研究人员在挪威云杉的巨大基因组中鉴定了28,354个功能基因。令他们感到惊讶的是,挪威云杉的基因组比拟南芥大一百多倍,但二者的功能基因数量却相差不远。研究人员指出,这是因为在漫长的进化史中,挪威云杉的基因组逐渐累积了大量重复DNA序列,这些重复序列造成了基因组的膨胀。其他植物和动物具有去除这些重复DNA的机制,但显然这种机制在松柏类植物中并没有起到应有的作用。

 

这一项目的最大挑战是,要将约两百亿遗传密码以正确顺序组装起来。为此,研究人员开发了许多新软件,采用了最先进的测序技术。研究显示,挪威云杉的基因组中存在多种长末端重复的转座元件,由于缺乏有效的清除机制,这些元件缓慢而稳定的积累起来。研究人员对另外几种松柏类植物进行了比较测序,发现上述转座元件多样性是这类植物所共有的特性。研究人员还发现,参与转座元件沉默的一种小RNA(24个核苷酸),在这些植物中的表达具有组织特异性,而且表达量比其他植物低很多。

 

此外,加拿大的研究人员也在本期的Bioinformatics杂志上发布了白云杉(Picea glauca)的基因组测序。这两项研究得到的基因组序列,将帮助人们开发新工具来进行林木育种,改良松柏类植物的一些重要特性,例如抗虫能力、木材质量、生长速率和对气候变化的适应性等等。

作者: 2013-5-24
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