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美国联邦政府“停摆”已进入第三天，与科学、技术、卫生和环境相关的机构与科学家受到了严重冲击。科学界批评说，政府“停摆”对美国科研体系造成严重损害，也危及有关国际科研合作，从长期看甚至可能影响美国的创新与竞争力。
联邦政府下属与科研相关的机构，多数员工成为此次“停摆”的受害者。从数据看，美国卫生与公众服务部７.８万多工作人员有４万多回家，国家卫生研究院多达四分之三的人员“被休假”，不再接受新的临床研究患者；食品和药物管理局约６６００人不能上班，约占４５％，无法支持多数有关食品药品安全的检测研究项目；能源部１.６万人中约６９％“被休假”，只有负责核安全的人员继续工作。
更严重的是，美国环保署１．６万人仅６.５％上班，其中一些是因为有一个基金在支付薪水；美国航天局１.８万余人中仅不到６００人工作，还是因为国际空间站以及一些卫星与探测器的运行不能停止。
学术界享有盛誉的《科学》杂志网站开设了一个栏目，希望受影响的政府科学家分享其经历，结果引来多人“吐槽”。国家卫生研究院的分子病毒学家迈克尔·费伦奇留言：“无法开展新实验。有关致死性的进行性多灶性白质脑病（ＰＭＬ）的研究被迫中止。只让维持细胞系。”
俄勒冈州立大学的尼克劳斯·格林瓦尔德发了两条帖子：“我是一名联邦科学家，实验室关闭了，学生、博士后、老师……大家全被送回家了”，“关门第三天：实验室继续关着。女儿说去看她的比赛吧，因为我被休假了，无法参加学术会议。”
《科学》杂志３日发表主编马西娅·麦克纳特撰写的社论说，政府“停摆”，导致数以万计被视为不重要的科学家“被休假”，但他们中许多人并没有做好思想准备。政府“停摆”规定如此严格，甚至不允许科学家自愿无薪水继续其工作。他们不能使用政府提供的电脑，“实验被中断，时序被打破，连续性遭破坏，冲劲没有了”。
社论认为，如果“停摆”持续时间足够长，整个科学界都将承受后果。政府科学家“缺席”留下的空当，大学与企业等非政府部门的实验室无法填补，从监控流感暴发到实时提供水质信息，从改善天气预报到开发先进防御体系，莫不如此。许多政府实验室的工作吸引不了私有资本，但却是为了美国公众的利益。“如果没有政府科学实验室的贡献，美国研究体系将受到严重损害”。
主办《科学》杂志的美国科学促进会也发表文章，批评政府“停摆”危及美国的竞争力。科促会政府关系办公室主任乔安妮·卡尼在文章中说：“如果政府关门持续一个星期以上，美国就会成为比较令人不喜欢的国际研究合作对象。当拨款不再可靠，许多研究伙伴可能无法继续跟我们合作。”
此前，美国科学界已经感受到政府削减开支计划带来的“寒流”，首当其冲的是更难申请研究经费。根据美国科学促进会的数据，２０１３财年美国联邦科研经费在国内生产总值中所占比例已经降至约０.８％，为过去４０年来最低点。