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近日,中国科学院北京基因组研究所章张研究员课题组与北京理工大学、中国林业科学研究院及华中农业大学合作开发完成RiceWiki数据库。该数据库是基于维基百科的水稻基因信息平台,是可编辑且内容公开的公众注释系统。研究成果在Nucleic Acids Research杂志发表。
水稻是人类重要的粮食作物之一,同时也是研究农作物及其他相关植物的重要模式生物。因此,水稻成为第一个全基因组测序的农作物。随着水稻基因组学和转录组学研究的深入,先后出现了BGI-RIS,TIGR,RAP-DB和RGKbase等专业数据库。这些数据库多是依赖专业人员的编辑更新,不仅费时费力,而且成本也逐渐增加,导致其更新速度远远落后于水稻数据的指数增长。RiceWiki数据库的优势在于汇集整个水稻研究领域的科研人员的智慧和力量,共同完善水稻基因的相关信息和数据更新,以期构建一部水稻基因的百科全书。
目前,RiceWiki已经整合了两个水稻栽培亚种的基因数据(O. sativa indica 93–11 和 O. sativa japonica Nipponbare),涵盖66000多个水稻基因的相关信息。水稻基因的原始资料主要来源于RefSeq (NCBI),Ensembl,RAP-DB和MSU Rice Genome Annotation Project。每个水稻基因的资料由注释信息、研究该基因的相关实验室以及参考文献和结构信息构成。
为了解决著作权的问题,RiceWiki还引入了作者奖励机制(AuthorReward),不仅可以评价基因注释信息的质量,还可以提高相关领域科研人员的参与度。RiceWiki允许注册用户随时创造,更新和修改水稻基因信息,明显的简化了资料收集,分析和整理的过程,以适应生物学数据的爆炸式增长模式。