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为促进国内外微生物学工作者交流组学领域的工作，探索未来发展趋势。6月27日至30日，由西南大学生命科学学院、研究生院负责组织的“组学时代微生物学国际研讨会”在校举行。来自美国得克萨斯农工大学、波士顿大学、BROAD研究所、加州大学洛杉矶分校、南加州大学、台湾阳明大学，中科院包括微生物所在内的多个研究所、清华大学、中国农业大学、复旦大学、上海交通大学、浙江大学、首都师范大学、大连医科大学、中山大学、厦门大学、西藏大学、山东大学、南开大学、四川大学等19省市、30多家单位的近300人参加会议。其中包括两位中科院院士（邓子新和赵国屏）以及赵立平、周集中、Ryland F Young等多位美国微生物科学院院士。
中国微生物学会理事长邓子新院士，海外华人微生物学会执行主席shi wenyuan教授，重庆市科协副主席王勇、我校副校长周常勇教授，重庆市微生物学会理事长胡福泉教授，中科院重庆绿色智能技术研究院副院长战超等出席开幕式。开幕式由中国微生物学会秘书长东秀珠研究员和海外华人微生物学会秘书奚传武博士共同主持，邓子新院士、周常勇副校长分别致词， shi wenyuan教授介绍了会议发起由来，战超副院长作为协办单位之一介绍了单位情况。
会议共收到论文摘要103篇，汇聚了众多微生物学、组学、计算生物学、合成生物学及相关领域的国际国内专家和青年才俊，共安排了43场报告，其中主旨报告7场，大会报告36场，大会工作语言基本为英文。会议分为五个主题进行交流讨论，包括：组学时代的抗生素和药物发现；组学时代的人体微生物；组学时代的致病菌致病机制研究；组学时代的宿主操作；微生物生态、进化和流行病学。
期间，邓子新院士作了题为“组学为再创抗生素传奇提供的契机“的报告，对全球抗生素结合组学手段的研发进行了总结和展望；赵国屏院士结合系统生物学的手段和发展，提出了致病菌组学的新的研究方向；美国微生物科学院院士、上海交通大学赵立平教授将其领先世界的人类肠道菌群研究结合科赫法则阐释其与肥胖的因果关系，展示了大量新发现的现象和数据；北京生命科学研究所的邵峰教授介绍了课题组于2014年6月11日刚刚在《Nature》上在线发表研究，具体阐释了Pyrin蛋白作为PRR蛋白感受多种不同病原菌和毒素对机体Rho家族小G蛋白的修饰和失活的相关机制；美国加州大学洛杉矶分校的施文元教授用生动的语言讲解了利用组学技术发现的在口腔中超过1000中微生物之间的“战争与和平”；南加州大学的Casey Chen教授的报告则结合了比较基因组学和元基因组学的方法，对牙周病相关的微生物进行诊断和分析,美国德州农工大学的Ryland F Young报告了其噬菌体裂解的穿孔素的系统研究，波士顿大学的James Galagan报告了结核菌系统生物学研究。赵国屏院士总结了合成生物学研究的历史和未来。中科院微生物所东秀珠研究员从转录组水平阐释了嗜冷微生物冷适应的机理。美国微生物学科学院院士、俄克拉荷马大学的周集中教授介绍了微生物生态学的组学研究方法技术进展。其他专家代表也作了精彩报告。代表们在会议中积极提问，热烈交流，普遍认为，会议报告反映了学科前沿发展的新观点、新思路、新成果和新技术，获益颇多。
除学术报告外，会议还专门为研究生进行了墙报交流活动，青年学生站在自己的墙报前展示自己的研究成果，并与专家进行交流和讨论。根据墙报结果评选出了一等奖一名，贰等奖二名，三等奖三名。6月28日晚的“研究生论坛”，邀请与会部分国内外专家和青年学生座谈，共同探讨了 “怎样选择课题和设计实验”、“个人利益和集体利益、国家利益之间的选择和协调”等青年研究者们感兴趣和困惑的问题。
会议还安排了上海市一平知识产权有限公司合伙人徐迅先生开展了知识产权培训，邀请部分报告人参与主题为“组学时代的挑战与未来”圆桌会议，共同讨论组学时代的微生物学的发展策略和相关问题，以及未来学术活动的组织等工作。
会议于6月30日中午顺利闭幕。印第安纳大学Frank Yang教授主持闭幕式。俄克拉荷马大学周集中教授和广西大学前校长唐纪良教授为墙报优胜者颁发了获奖证书和奖金。
作为向大众有效科普的一部分，重庆电视台卫视新闻联播等媒体也对此进行了报道，人民电视网、重庆网络广播电视台等转发了新闻。
会议得到国家自然科学基金委资助、美国微生物学会和重庆市教委部分资助，重庆市微生物学会、中国遗传学会微生物遗传专业委员会、重庆市免疫学会、中国科学院重庆绿色智能技术研究院、中国科学院生态环境中心环境生物技术重点实验室、中科院计算生物研究所、台湾阳明大学等作为协办单位。我校生命科学学院现代生物医药研究所谢建平课题组研究生、药学院廖国建博士课题组研究生及含弘学院本科生志愿者负责本次会务接待工作。
International Symposium on Microbiology in the Omics Era
Chongqing, China, June 27-30, 2014.
Saturday, June 28, 2014
08:30 – 09:00 OPENING CEREMONIES
Chair: Xiuzhu Dong, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, China
Chuanwu Xi, University of Michigan, USA
Welcome Remarks:
Zixin Deng, President of Chinese Society of Microbiology
Wenyuan Shi, President of Sino-Micro
University Presidents and Officers of Chongqing local agencies
SESSION I Antibiotics and Drug Discovery in the Omics Era 组学时代的抗生素与药物发现
Chair: Xiuzhu Dong, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, China
Chuanwu Xi, University of Michigan, USA
09:30 – 10:00 Keynote Address:Antibiotics in the omics era 组学时代的抗生素
Zixin Deng, Shanghai Jiaotong University, China
10:00 – 10:20 Antibiotics-driven evolution of pathogens: emergence of superbugs 抗生素驱动的致病菌进化-超级细菌的出现
Qijing Zhang, Iowa State University, USA
10:20 – 10:40 Identification of antibacterial targets from genomes by systems microbiology 系统生物学方法鉴定抗生素靶标 Ping Xu，Virginia Commonwealth University, USA
10:40 – 11:00 Over or under: not a Las Vegas game – modulating essential gene expression for antibiotic drug discovery 调控必需基因表达发现抗生素-度的问题 H. Howard Xu, California State University, USA
11:00 – 11:20 The interactomes between Mycobacterium and mycobacteriophage and implication for better antibiotics targets 分枝杆菌-噬菌体之间的相互作用组学研究与新抗生素靶标 Jianping Xie, Southwest University, China
11:20 - 11:40 Functional Genomics: Exploration of Metabolic Pathways and Regulation in Pseudomonads, 功能基因组学：假单胞菌的代谢途径和调控
Chung-Dar Lu, Georgia State University, USA
11:40 – 12:10 Keynote Address: Pushing boundaries: microbial diagnosis of periodontal disease in the omic era 组学时代牙周病的微生物诊断
Casey Chen, University of South California, USA
SESSION II Human Microbes in the Omics Era 组学时代的人体微生物
Chair: Ruifu Yang, Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology, China
Frank Yang, Indiana University School of Medicine, USA
14:00 – 14:30 Keynote Presentation:Inter-species interactions within oral microbial communities 口腔微生物区系内种间相互作用
Wenyuan Shi, University of California, Los Angeles, USA
14:30 – 14:50 Helicobacter pylori omics 幽门螺旋杆菌组学
Jianzhong Zhang, Center for Diseases Control and Prevention, China
14:50 – 15:10 Revelation of Bacterial Methylome in the Genomics Era 基因组时代细菌的甲基化组
Jing-Ren Zhang, Tsinghua University, China
15:10 – 15:30 A Sweet Journey to the Sugar Coated Trail, Glycomic Study of Glycosylated Bacterial Adhesins 糖基化的细菌粘附素的糖组学研究
Hui Wu , University of Alabama, USA
15:50 – 16:10 Gut microbiome-mediated environmental impact on human health 肠道微生物组对人类健康的影响
Chuanwu Xi, University of Michigan, USA
16:10 – 16:30 Omics of bacterial lipid droplets 细菌脂滴的组学
Pingsheng Liu, Institute of Biophysics, Chinese Academy of Sciences, China
16:30 – 16:50 Microbial community structure of landfill 垃圾填埋场的微生物区系
Liyan Song, Chongqing Institute of Green and Intelligent Technology, CAS, China
16:50 – 17:10 Progress on a novel multi-subunit vaccine against MRSA 多耐药金黄色葡萄球菌新多价亚单位疫苗研究
Hao Zeng, Section of Clinical Immunology, Department of laboratory medicine,The third Millitary Medical University
17:10 – 17:40 Keynote Presentation:Can we follow Koch's postulates to demonstrate the causative role of gut microbiota in human obesity?科赫法则能否决定肠道菌群和肥胖之间的因果关系？
Liping Zhao, Shanghai Jiaotong University, China
20:00 – 22:00 Forum for Graduate Students 研究生论坛
Sunday, June 29, 2014
Session III Pathogenesis in the Omics Era 组学时代的致病机制研究
Chair: Jingren Zhang, Tsinghua University, China
Zhaoqing Luo, Purdue University, USA
08:30 – 09:00 Keynote Presentation:Pathogenomics of the black rot pathogen Xanthomonascampestrispv. Campestris revealed by comprehensive mutation analysis 全面突变分析黑腐菌-野油菜黄单胞菌的致病基因组学
Jiliang Tang, Guangxi University, China
09:00 – 09:20 Immunization with recombinant DnaJ-ΔPly protects against Streptococcus
pneumoniae infection in mice 重组DnaJ-ΔPly 保护小鼠免受肺炎链球菌攻击
Yibing Yin,Chongqing Medical University, China
09:20 – 09:40 In vivo selection of hypervirulent Group A Streptococcus mutants by neutrophils 嗜中性粒细胞体内选择高毒力的链球菌变异株
Benfang Lei,Montana State University, USA
09:40 – 10:00 Systems biology of pathogens 致病菌系统生物学
James Galatan, Boston University
10:20 – 10:50 The (w)hole story of phage lysis.噬菌体裂解蛋白研究
Ryland F Young, Center for Phage technology, Texas A&M university
10:50 – 11:10 Scrutinizing Bacteriophage Genome Termini by High-Throughput Sequencing 高通量测序确定噬菌体基因组末端
Yigang Tong, State Key Laboratory of Pathogen and Biosecurity, Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology
11:10 – 11:30 Mistakes in -omics -- not always a bad thing 组学时代的错误-并非总是坏事
Javid Babak, Tsinghua University, China
11:30 – 11:50 New bacterial second messengers and pathogenesis 新的细菌第二信使和致病机理 X. Frank Yang, Indiana University School of Medicine, USA
Session IV Manipulating the Host in the Omics Era 组学时代的宿主操作 Chair: Xiancai Rao, Third Military Medical University China
Qijing Zhang, Iowa State University, USA
14:00 – 14:30 Keynote Presentation:Biochemical dissection of bacterial virulence and macrophage innate immunity 细菌毒力的生化分析以及巨噬细胞天然免疫
Feng Shao, National Institute of Biological Sciences, China
14:30 – 14:50 Bacterial type III secretion system and its applications 细菌III 型分泌系统与应用
Shouguang Jin, University of Florida, USA
14:50 – 15:10 How many proteins are involved in sending out a polymerization-prone type-III secreted EspA in EHEC 肠出血性大肠杆菌分泌易聚合的III 型EspA 分子需要多少个蛋白质
Wan-Jr Syu, National Yang-Ming University
15:10 – 15:30 TCR diversity is selectively skewed in T cell populations of Wiskott-Aldrich syndrome patients Wiskott-Aldrich 综合征患者中T 细胞群体的TCR 多样性被选择性改变 Xiaodong Zhao, Children’s Hospital Affiliated to Chongqing Medical University
15:30 – 15:50 Biochemistry and immunology lessons from Legionella pneumophila 肺炎军团菌的生物化学和免疫学教训
Zhao-Qing Luo, Purdue University, USA
16:10 –16:30 Change of Energy Metabolism in Lung of Mice Infected with Mycobacterium Tuberculosis 结核菌感染的小鼠肺部的能量代谢变化
Lanbo Shi, Public health research institute, Rutgers university
16:30 – 16:50 Variation pattern of HBV quasispecies under selection pressure 选择压力导致的乙肝病毒准种的变异类型
Guohong Deng, Third Military Medical University
16:50 – 17:10 NGS analysis of eukaryotic transcriptomes 真核生物转录组的下一代测序分析 Jun Zhu, NIH
17:10 – 17:30 Microbiota-based modeling of oral ecosystem health，基于元基因组的口腔生态系
统健康的建模
Jian Xu，Qingdao Institute of Bioenergy and Bioprocess Technology， CAS
17:30 – 17:50 Syphilis in modern China -----from epidemiology to pathogenesis, 现代淋病-流行病
学与致病机理 Pingyu Zhou,Tongji University
20:00 – 21:30 Round Table Discussion: What Need to Be Done in the Omics Era.圆桌会议：组
学时代的挑战与未来
Monday, June 30, 2014
Session V Microbial Ecology, Evolution, and Epidemiology in the Omics Era 微生物生态、进化和流行病学
Chair: NingyiZhou, Shanghai Jiaotong University, China
Howard Xu, California State University, USA
08:30 – 08:50 Genomics of anaerobes 厌氧菌基因组学
Xiuzhu Dong, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, China
08:50 – 09:10 TBD 待定 Ningyi Zhou, Shanghai Jiaotong University, China
09:10 – 09:30 Evolution and ecology of Shiga toxin-producing Escherichia coli 产志贺氏菌毒素大肠杆菌的进化和生态学
Michelle Qiu Carter, USDA, USA
09:30 – 09:50 Microevolution and spread of Yersinia pestis 鼠疫耶尔森氏菌的微进化和传播
Yang Ruifu, Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology, China
10:10 – 10:30 SFTS, an emerging hemorrhagic fever disease in China SFTS 中国的新发出血热
Xuejie Yu, Shandong University, China
10:30 – 10:50 Towards developing raw cassava starch-degrading enzyme and improved cellulases for fuel ethanol production from cassava starch and sugarcane cellulose 木薯淀粉降解酶
Jiaxun Feng, Guangxi University
10:50 – 11:10 Metagenomics enabled understanding of functional groups in anaerobic bioreactors for simultaneous removal of sufur, carbon and nitrogen.同时去除硫、碳和氮的厌氧生物反应器中的功能性微生物群的宏基因组学研究
Aijie Wang, RECCS, CAS, China
11:10 – 11:40 Keynote Presentation: Microbial Ecology in Genomics Era: Challenges and Opportunities 基因组时代的微生物生态学研究：挑战与机遇 Jizhong (Joe) Zhou, University of Oklahoma
11:40 – 11:50 CLOSING CEREMONIES
Frank Yang, Indiana University School of Medicine