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中国农村能源行业协会生物质能专委会秘书长肖明松表示：2011年中国生物质能发展缓慢的根源问题还是在于原料，收集困难，运行成本高，企业难以得到回报。如果原料供应短缺，资源收集难度大的问题得不到合理的解决将导致“十二五”规划的目标难以实现。
中国生物质能资源并不是很丰富，对于农作物来说最后一道应用才是能源，作为生物质能主要原料的秸秆就是其中的典型案例，秸秆还可以用于还田、造纸、直接燃烧等等，最后才会是收集上来用作生物质能，这也就导致生物质能产业运行成本高，企业竞争力低。
另外，中国生物质能技术不是很成熟好用，经常出现问题。比如利用强压将秸秆等生产为生物质固体成型燃料，运输储存燃料磨损严重，模具长期使用也需要更换，而且强压用电能耗大。
虽然出台了《可再生能源法》，但这是大法、大的政策方向，缺乏具体的实施办法、细则，中国在税收、补贴、市场开拓等一系列的优惠政策扶持上尚有很多不足。生物质能产业的良性发展，需要当地政府配合企业建立一套完整的服务体系，比如设定固定的采集站点、采集价格等。同时还需要中石油、中石化等能源行业的大企业在销售方面提供帮助。
2012年，受国际能源大环境的影响较大。化石等传统能源价格走高，生物质能就可能成为热点。但是由于目前传统能源还较多，在能源行业里占据主要地位，生物质能还不能成为主角唱大戏。国家也有可能在生物质能行业的发展过程中，发现其他更适于取代传统能源的能源，也许就会放弃生物质能，生物质能的投资、企业的转型等又会出现新的问题。