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联合国粮农组织发布的一份最新报告指出，现有的生物燃料认证计划在管理不善的情况下，或可成为间接贸易壁垒，此外认证计划的结构方式也将使小生产者和许多发展中国家难以参与出口市场。
粮农组织在这份名为《生物燃料与可持续发展的挑战》（Biofuels and the Sustainability Challenge）的报告中指出，“生物燃料认证有正面、负面和混合的影响”。由于现有的生物燃料认证计划主要为大型农工企业所设计，许多认证内容属于数据或信息密集型并需要费用和能力，而大多数小农往往在这方面力所不及，因此这项主要由私营机构管理的自愿性生物燃料认证计划可能会将小农排斥在外。
报告指出，“许多发展中国家表示关切，认为如果管理不善，这些认证计划可能会成为间接贸易壁垒。”例如，认证计划中规定，认证企业需要为受雇农民提供教育机会，工业化国家的生产商落实这一点非常容易，但对于发展中国家的小生产者而言，达到这一要求则相对困难得多。
此外，在估算温室气体排放量所必需的数据方面，如产量、化肥和其他投入品的使用量等，大公司往往因审计原因保存财务记录，而小农户则倾向于将有关数据记在脑子里，从而处于不利地位。
报告指出，为提高认证计划的有效性，增强其正面影响，“消费国和生产国的政府和国际组织应建立配套机制，创造一个有利的环境”。报告建议的相关机制包括国家立法、公共采购政策，税收优惠和税收减免及创业补助等。
欧洲计划于2020年前实现交通运输部门至少使用10%的可再生能源的目标，并于2011年批准了七个自愿性可持续生物燃料认证计划。为了获得政府支持或成为强制性可再生能源目标，生物燃料必须满足可持续发展的要求。