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不同于第一代粮食油料作物生产生物质燃料，引发同农业争田争水等矛盾，第二代生物质燃料技术主要利用农业废弃物、林业残留物或废弃有机物，生产符合标准需求的生物质燃料。根据欧盟环境署（EEA）的统计，欧盟每年产出约15-20亿吨的农业秸秆废弃物，如果充分利用，足够满足欧盟2020能源战略40%的生物乙醇需求。欧盟第七研发框架计划（FP7）提供910万欧元资助，总研发投入1600万欧元，由欧盟5个成员国及联系国丹麦（总协调）、荷兰、挪威、德国和葡萄牙，主要能源企业和科技界组成的欧洲KACELLE研发团队。从2009年8月开始，致力于农业秸秆废弃物第二代生物质燃料技术的工厂化中试示范项目设计开发。
截止目前，由丹麦能源公司DONG Energy牵头负责，设立于丹麦凯隆堡（Kalundborg）的第二代生物质燃料中试示范炼制厂，已投入试运营。每小时可转化4吨废弃秸秆，每年可消耗3万吨农业秸秆废弃物，年产540万升生物乙醇和其它产量不等的木质素颗粒（Lignin Pellets）及C5糖蜜（Molasses）。工厂化生产尽可能采用模块化设计，可根据用户要求进行拼接，以适应不同区域不同环境不同产量的实际需求。
农业秸秆生物质主要由纤维素、木质素和半纤维素三部分组成，纤维素是地球上最丰富的可再生碳源，木质素次之，都是生成植物细胞壁的主要成分。研发团队研制开发的第二代生物质燃料Inbicon专利技术，主要采用酶化水解法，即利用酶流体化生物质，以适应工业化流体泵生产工艺的基本流程，最大化生物质转化为糖分再转化为所需生物乙醇的性价比，最小化生产工艺成本。秸秆首先被加压加热水解，破坏木质素结构加速微生物酶化发酵，促使生物质分解为更简化的糖碳水化合物。再进行140小时的酶化发酵，将糖碳水化合物转化为生物乙醇和二氧化碳（CO2），捕获CO2净化冷却处理，用于碳酸饮料或新鲜食物保护。