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HACCP体系的最大优点在于它是一种系统性强、结构严谨、理性化、有多项约束、适用性强而效益显著的以预防为主的质量保证方法。运用恰当，则可以提供更多的安全性和可靠性，并且比大量抽样检查的运行费用少得多。
HACCP具有如下优点：
1 在出现问题前就可以采取纠正措施，因而是积极主动的控制
2 通过易于监控的特性来实施控制，可操作性强、迅速。
3 只要需要就能采取及时的纠正措施，迅速进行控制。
4 与依靠化学分析微生物检验进行控制相比，费用低廉。
5 由之间参与食品加工和管理的人员控制生产操作。
6 关注关键点，使每批产品采取更多的保证措施，使工厂重视工艺改进，降低产品损耗。
7 HACCP能用于潜在危害的预告，通过监测结果的趋向来预告。
8 HACCP涉及到与产品安全性有关的各个层次的职工，作到全员参与。