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(1)急性出血性坏死性肠炎：起病急，中毒症状重，主要症状有腹痛、腹胀、便血、呕吐及发热等。腹痛多为持续性疼痛，阵发性加剧，见于脐周或上腹部。大便常呈血糊状而无脓液，有腥臭味，每次量多，但无里急后重。镜检以红细胞为主。
(2)肠套叠：多见于婴幼儿。患儿每因阵发性腹痛而啼哭吵闹，伴有呕吐。大便呈暗红色或血性，腹胀明显。直肠指诊指套上沾有鲜血。腹部检查可见肠型，并能触及中等硬度似腊肠或香蕉状的肿块，表面光滑，稍可活动。钡剂灌肠X线检查可协助诊断。
(3)空肠弯曲杆菌肠炎：多见于儿童及老年人。起病较急，伴中等度发热，以急性肠炎症状为主。少数病人排粘液脓血便，伴里急后重。大便常规检查有红细胞、白细胞，易误诊为菌痢。做大便培养可以鉴别。
此外，还应与细菌性食物中毒及大肠杆菌肠炎等鉴别。
慢性菌痢应与下列疾病鉴别：
(1)直肠癌与结肠癌：二者多见于中年以上，以40～60岁多见。临床上有贫血、消瘦、便次增多或大便变形、血便等表现。合并感染时，大便呈脓血样。及时作肛门指诊、结肠内镜检查或活组织检查，不难与菌痢鉴别。
(2) 慢性血吸虫病：患者来自血吸虫病疫区，或到过疫区，有疫水接触史。长期腹泻，每日2～3次，大便稀薄或带粘液脓血，可有轻度里急后重，体检肝脾肿大，抗菌痢药物治疗无效。环卵试验阳性，乙状结肠镜检取活组织检查，可见血吸虫卵。