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根据生化反应与抗原结构的不同，分为4群。甲群为志贺氏菌群，有10个血清型；乙群为福氏菌群，有13个血清型；丙群为鲍氏菌群，有15个血清型；丁型为宋内氏菌群，仅有1个血清型。各群痢疾杆菌在菌体裂解时均释放出内毒素，但产生外毒素的能力各种群差异很大，其中以志贺氏痢疾杆菌产生外毒素的能力最强，故临床症状较为严重。