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(1)全身支持疗法：要注意适当休息，增加营养，纠正贫血，静脉补充丙种球蛋白，中医中药调整，以促进全身情况的改善，每日需要保持足够液体的摄入。
(2)抗菌药物的治疗：要达到控制菌尿和反复发作的目的，抗生素的选择应根据尿液细菌培养和抗生素敏感试验结果，选用最有效和毒性小的抗生素，如复方新诺明、羟氨苄青霉素、呋喃口旦啶、先锋霉素VI 等。疗程未有定论，但至少应用2～3周，有时需要小剂量维持几个月以上。治疗期间需反复检查尿液中的白细胞和细菌培养。如治疗无效或虽当时见效但复发频繁，并经过两次积极治疗仍不成功者，宜采用长疗程低剂量抑菌治疗。其目的是抑制细菌的生长繁殖，防止症状性尿路感染的急性发作。
(3)对症治疗：控制和清除体内感染病灶，如前列腺炎、慢性妇科炎症等。对肾功能不全者要恰当处理，注意维持体内的水、电解质和酸碱平衡；高血压者要降压。
慢性肾盂肾炎大都是耐药细菌引起的感染，且为复杂性尿路感染，故临床疗效不理想。