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一、孟德尔的功绩
在前人工作的基础上孟德尔进行了植物杂交实验，并且一针见血地指出：前人的工作“到目前为止，还没有卓有成效地提出一个能普遍应用的控制杂种形成和发育的规律。”并指出了存在的问题：（1）没有一个试验能确定杂种后代出现的类型数目；（2）没有按照不同世代把这些类型予以归类；（3）没有搞清它们在统计学上的关系。针对这些问题孟德尔开展了8年工作，采用32个品种，观察了7对性状(图1-1)，最终总结了2个定律，即独立分配和自由组合定律，后人称为孟德尔定律，从而创建了遗传学，其贡献与当时十九世纪三大发现相比毫不逊色，遗憾的是不幸被埋没了35年，这是遗传学发展史上的第一个悲剧。
二、孟德尔植物杂交实验
孟德尔实验的成功归功于他的卓越的观察力和方法学。
（一）设计严密，层次分明
1.亲本杂交（parent generation）：（1）选材：孟德尔选材时考虑到“这种植物的杂种在开花期必须防止所有外来花粉的影响”。刚开始，鉴于豆科植物的特殊花器结构成为被选的实验材料，最终选择了严格自花受粉的豌豆；在实验中他又注意选择生命力强的种子，使后代的成活力相同，避免统计误差；种子在使用前进行试种，观察是否存在分离，确定纯种后才使用。(2)选择研究的性状：“具有稳定的可区分性”，即质量性状，摒弃数量性状，抓住了遗传规律的主流。(3)继承了前人采用的正反交（reciprocal cross），为以后区分伴性遗传和细胞质遗传打下基础。(4)设立对照实验：将盆栽的植物移到温室内和大田种植的作对照，以排除虫媒的干扰。
2.杂种1代（filial generation 1，F1）的观察：
确定了“显性”（dominate）性状和“隐性”(recessive)性状。将在杂交中能传递给后代的性状称为显性，而在传递过程中潜伏的性状称为隐性。
3.F2代的观察
(1)对后代的性状进行了统计处理，发现显性性状和隐性性状的分离比为3∶1；(2)注意到了“当试验植株数目较少时，结果可发生相当大的波动”，因而采用大样本。(3)为保证后代成活、统计精确，十分细致地将矮株进行移植，避免其被相邻的高株覆盖因得不到阳光而死亡。(4)对具有显性性状的植株，进一步通过自交来研究其遗传结构。
4.F3代的研究
经观察统计表型为显性（A）的植株有两种基因型：AA和Aa，比例为1∶2。
（二）科学推论
对以上的结果，孟德尔进行了科学推论：（1）遗传因子成对存在，形成生殖细胞时彼此分离；（2）以A代表显性性状，a代表隐性性状，Aa表示杂合类型，那么在F2代中后代的构成可用公式：1A+2Aa+1a 来表示，表明了各种类型的基因型以及比例。
（三）精确验证
孟德尔不仅推论出公式并创用测交（test cross）方法对推论加以验证，突破了传统生物学的研究方法。测交是指将杂种后代和隐性亲本进行杂交，回交（back cross）是指杂种后代和任一亲本杂交。所以测交是回交的一种，这种方法可以测出杂种后代的基因型，故称为测交。